DNA存储作为一种分子链式存储介质,长期保存时会面临分子链降解断裂等,严重影响信息的长期可靠性,是亟待解决的关键问题。为解决该问题,研究团队设计了基于德布莱英图理论的序列重建算法,首次在实验室验证了其处理DNA链降解断裂问题的能力。结合该序列重建算法(内码)与喷泉码算法(外码),团队设计编码了6.8MB敦煌壁画,合成了承载图片信息的DNA片段21万条。为验证数据的长期可靠性,团队制备了一个没有任何特殊保护的DNA水溶液样本,并在70℃下加速样本降解长达十周。加速降解处理后,80%以上的片段都发生了断裂错误,依靠设计的序列重建算法依然可以准确组装解码96.4%以上的片段。再通过喷泉码解决少量片段丢失的问题,原始的敦煌壁画图片依然能够完美恢复。根据理论推算,这种程度的高温破坏相当于在实验室常温25℃一千年或者9.4℃两万年的自然降解。
反复实验优化算法
实现DNA对文物样本信息的长期可靠储存
据元英进院士介绍,早在三年前,由他领衔的天津大学合成生物学团队就开始对解决DNA降解问题进行规划,然而由于没有先例,团队只能一步步摸索,并不断改进优化算法设计,最终通过实验得到验证。“据我们了解,此前没有用DNA存储文物信息的先例。为能实现我国悠久历史文化的长期传承,技术层面需要应对存储过程中产生的各类复杂错误。从理论到方法,DNA存储都与信息领域其他存储方式不同,也与生物技术传统研究范式有差别,对我们团队也是一个挑战。”元英进说道。在研究前期,元英进院士团队针对算法进行了必要的理论准备,从理论层面上进行分析并证明了其可行性。随后便开始实施实验,并在过程中不断优化算法。从研究开始,到最终实验成功,花费了三年的时间,在此期间对算法做了大量的优化甚至重写,还挑战了更大规模尺度的实验验证。
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