由于汉代官方标榜“以孝治天下”，加上孔子地位上升，所以东汉时，在五经基础上加入《孝经》《论语》，变为七经，作为读书人的必读书。

到了唐代，出现九经之说，包括《诗》《书》《易》《周礼》《仪礼》《礼记》《春秋公羊传》《春秋谷梁传》《春秋左氏传》9部书。之前的《礼》和《春秋》都一分为三，把古代阐述经义的书籍都包括到经的范围里了。同时，《论语》《孝经》也是要求读书人必读的，称为“兼经”。

唐文宗年间，朝廷下令把九经和《论语》《孝经》《尔雅》都刻在石碑上，总共12部书，称为十二经。这些经书刻石就是“开成石经”，共114石、228面，所刻12部儒家经书，共计160卷、65万多字，有“石质图书馆”之美称，目前保存在陕西西安碑林博物馆。

到了宋代，学界把《孟子》也提高到经书的地位。宋哲宗时期的科举考试中，就包括《孟子》了。从此儒家经典变成十三经了。

这13部书，真是标靶式著作，汉朝及以后的学者进行了大量的注解、阐释工作，称为注或笺。到了唐宋时期，因为时间久远，当时人对于汉代人的注解也看不大懂了，于是一些学者不仅注解经传的正文，而且对前人的注解也进行了注解和阐发。这些注解的注解，称之为“疏”或“正义”。

南宋以后，有人把十三经和比较好的注、疏合刻在一起，形成一套书，就是《十三经注疏》。

《十三经》各书篇幅大不相同。长的如《春秋左氏传》，也就是《左传》，将近20万字；其次是《礼记》，将近10万字。最短的是《孝经》，才1800字，因为太短了，以至于科举考试一般都不考它。但给《孝经》做注解的人，在《十三经》所有注家里地位最高，就是唐玄宗。

围绕这13部书，中国古代读书人投入了太多的精力去研究、校补、注释、阐发，写了很多叠床架屋的著作，形成了蔚为大观的经部书籍。《四库全书》分经、史、子、集四部，共收书3400多种，而经部书就有1700多种，占据了半壁江山，足见《十三经》在古人心目中、在传统文化上的重要地位。