对学术界这民主的“表演”，蒋介石自然“怀恨在心”，他在院长人选的遴选与任命上的行为，充分显现了学术独立与自由的限度。三位候选人此时都肩负抗日大任，翁文灏是蒋介石经济方面最为倚重的助手，朱家骅为国民党党务第一人，胡适担任争取美国支持的驻美大使。最初，蒋介石似乎属意排名第三的胡适，由此各路人马四处活动，演出撤换驻美大使风波，直到8月初才最终确定胡适留任。至此，“中研院”已五个月没有院长，其运行遭遇极大困难。9月18日，蒋介石最终颁令朱家骅代理院长。他没有选择在学术上成就卓著、在国际学术界也具有声望，而且愿意担任院长的翁文灏；而选择了在学术上毫无建树、纯粹的官僚朱家骅，而且是代理。
对院长一职并不热衷的朱家骅虽“一再恳辞”，但“未蒙允准”，只得勉为其难接任，迎接他的是更为逼仄的学术发展空间。蒋介石本欲借助蔡元培去世将“中研院”降格为行政院下属机构，院长等同于部会长官，可以直接任命而非民主选举。因优先考虑顾孟余，未能立即实行。正所谓“上有所好，下必甚焉”，有人在国民党中央全会上提出议案，将“中研院”划归教育部或考试院。虽经私下斡旋，议案未能通过，但“中研院”的发展境况可以想见。
朱家骅一代理就是十八年。1957年8月4日下午五点多，蒋介石夫妇突然光临南港“中研院”，朱家骅自然不在，工作人员也大多下班，大门紧闭。卫士入院交涉，只有身穿汗衫短裤，脚拖日本式木屐的严耕望随卫士前来报告。日后成为隋唐交通史大家的严耕望，陡然间面见蒋介石自然不知所措，蒋介石见严耕望装束，以为“中研院”研究人员服装不整，缺乏规矩，拂袖而去，并归罪于朱家骅。不得已朱家骅只得“心不甘、情不愿”上书辞职，9月初获准。
朱家骅一生对“中研院”贡献甚大，如在大陆时期扩展研究机构，选举首届院士完成“中研院”体制，赴台初期苦心孤诣维持，并以自己掌控的中英庚款救助，恢复评议会和院士会议等。后任院长胡适去世后，他“仍有廉颇之志，颇思当仁不让”，一洗自己从未正式担任“中研院”院长之耻，在评议会选举中票数第二。但蒋介石对他偏见极深（主要是对朱家骅追随代总统李宗仁南下广州耿耿于怀），圈选了票数名列第三的王世杰。
蒋介石强令朱家骅去职后，示意选举胡适接任。（新竹）清华大学校长梅贻琦便心生不满：“胡先生如能当选，自会选出，我们并不奉他人的意见而选举。”评议会选举时，时任教育部长张其昀四处拉票，梅贻琦不得已也投了他一票。结果是胡适、李济成为第一、第二候选人，第三候选人难产。1957年11月，蒋介石任命胡适为院长，因胡适生病住院，以李济代理。为表诚意，蒋介石允诺胡适可以不必长年待在台湾，并从《苏俄在中国》一书的外译版税中拿钱在“中研院”园区兴建一幢带有庭院的小洋房，作为胡适办公和住宿楼（现为胡适纪念馆）。胡适回国就职时，蒋介石亲到南港主持典礼。可见，蒋介石对胡适的殷殷期望与借重。不想，蒋介石在典礼中无意批判了“五四”新文化运动，胡适直接反驳说：“总统，您错了。”
胡适作为学术领导人和自由主义大师，在威权时代的台湾，其言论和行动也受到限制。他对中国文化的批判，引起文化保守主义者的批评和声讨，甚至引起情报部门的不满，说他是国民党丢失大陆的罪魁祸首：因他鼓吹全盘西化，造成思想真空，中共乘虚而入。胡适任内，克服各种困难，使“中研院”“在开放中一步一脚印地进步”。
