李远哲的政治态度，自然也给“中研院”的发展带来影响。李远哲上任之初，受到“立法院”委员的一致尊敬和爱戴，这是此前各位前辈没有的礼遇。但他助选陈水扁，自然引起在野党“立委”的反感，曾遭遇“立法院”冻结“中研院”总预算的危机。2006年10月，李远哲任期届满，基因体中心主任翁启惠等六位院士发起留任连署，被“立法委员”批为“马屁文化”，并援引袁世凯谋求称帝时所谓的“六君子”讥讽李远哲及六位院士。李远哲深受刺激，选择离开。
翁启惠在继任院长选举中票数最高，被陈水扁遴选为新任院长。翁启惠是国际闻名的生物化学家，台湾大学毕业后，曾在“中研院”任职。后留美，1994年当选“中研院”院士，2002年荣膺美国科学院院士。李远哲殷鉴不远，他就职以后宣布不介入任何政治活动。不想在第二任任期最后阶段，卷入“浩鼎科技”案，牵涉利益输送，将“中研院”抛入舆论漩涡，自己也不得不宣布辞职。翁启惠是“中研院”历史上第一个因为这种原因去职的院长。
新任院长选举过程中，评议会需要在现任副院长王汎森、廖俊智、郭位（香港城市大学校长，马英九同学）及吴茂昆（前东华大学校长）四人当中选出三人。选举过程中，因临时改变程序，致使争议不断。据说，李远哲有操控选举的嫌疑。无论如何可以看出，自李远哲以来，三位“中研院”院长全是化学出身；自钱思亮以来，五位院长全是科学出身，而此前的四位院长，只有朱家骅是地质出身，但还是官僚政客。
廖俊智就任后，对“立法院”、外界批评“中研院”院士涉入政治过多（如连署陈水扁保外就医）的质询，表示院士是名誉职，他们有个人政治理念和社会关怀，院长没有权力管。其实，爱因斯坦也曾积极参与政治，痛斥纳粹的反人类行径，呼吁原子能的和平利用，还花不少时间撰写无聊至极又天真之极的政治小册子。但其间有一个需要把握的度，不能因此而荒废学术。爱因斯坦就从不把政治看得那么重要，正如他对助手所说：“我们不得不把时间分一下，一些给政治，一些给咱们的数学式；不过，对我来说，数学式比政治重要多了，政治都是关注一时的事，一个数学式可以永世长存。”
政治追求的是实用，是个人或团体之私利；学术追求的是真理，是人类知识之扩展，学术与政治之间具有天然的排斥性。问题是，随着科学的发展，学术研究已经完全不同于它早期以个人爱好为特征的时代，已完全体制化与职业化，进入所谓的大科学时代。特别是随着国家科学政策的出现，政府与政府资助在学术发展上的作用与地位越来越重要。学术一方面要求独立于政治，一方面又需要政府的大量经费，如何把握与界定学术与政治之间的关系，就成为值得不断探讨与思考的问题。
录入编辑：洪振雷
