明朝是由昔日白莲教徒朱元璋建立的，但此人对白莲教却痛恨至极，所以一开始便严禁白莲教传播，明确规定不准民间塑造白莲教的神明塑像。然而哪里有压迫，哪里就有反抗，白莲教继续存在并逐步发展。到了明朝中叶，明朝吏治逐渐腐败，人民流离失所，白莲教反抗的烽火便又一次燃起。当时白莲教徒许多居住于太原，他们在明政府的追捕下不得不逃入蒙古，投靠到蒙古酋长俺答汗的手下。在俺答汗那里，白莲教徒成为了汉奸，积极为俺答汗进攻内地出谋划策。白莲教徒赵全等人极力撺掇俺答汗攻入内地，夺取汉人江山，重建元朝。为此，白莲教徒们还向俺答汗行三拜九叩之礼，尊称他为“大元皇帝”。这还不算，白莲教徒还为蒙古人刺探情报，制造攻城武器，削弱了明朝边防。然而这些白莲教徒并没有得到俺答汗的真正信任，当蒙古与明朝讲和后，这些白莲教徒就被当做“和解礼物”送给了明朝，而明朝也不客气，将他们全部杀死示众。
到了清朝，白莲教徒便又转换了态度，向他们一向反对的明朝靠拢，成为最主要的反清组织。虽遭到清政府的多次血腥镇压，但到了嘉庆元年（1796），白莲教大起义已发展成嘉庆年间规模最大的一次起义。白莲教起义军以“反清复明”为口号，席卷川陕，给清政府造成极大震动，使清军损失一、二品高级将领20多人，副将、参将以下的军官400多人，土豪劣绅1000余人。清政府为镇压起义耗费白银2亿两。如今白莲教已经不复存在，但在史书中，仍能看到这些秘密教徒反抗精神之强。对于封建政府来说，白莲教徒的起义无疑是他们腐朽统治的警钟。
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