进入21世纪以来，冯天瑜教授在思想上高屋建瓴，在学术上自成一家，如《中国文化发展轨迹》（2000）论述了从原始文明开始的文化发展、转型及现代化轨迹。《解构专制：明末清初“新民本”思想研究》（2003）对明清时期新民本思想进行了探讨。《中华文化生成史》（2013）则完善了其以往的文化生态理论，并对中国文化的结构特性、科举制度以及中国文化的前瞻性问题做了研究。《中华文化生态论纲》（2021），是其结构性文化生态理论的集大成之作，提出地理环境、经济土壤、社会制度三层次的结构性文化生态理论，呈现出中华文化生态之全貌，揭示了历史演变之轨迹及其背后的深沉背景。2022年新出《中华文明五千年》，在导言中,提出“文明”的定义，并阐明该著探究的文明涉及器用、制度、行为、观念诸层面，重点在观念层面；奠定了关于中华文明史的本体论基础，确立了研究中华文明宏观尺度，向读者展示了一幅从“人猿揖别”到“五四”新文化运动的恢宏画卷，其中对中华文明生成机制的论述，尤其发人深省。

1994年，冯天瑜教授始致力于系统研究中国文化的生态环境和文化发生机制，提出了地理环境、经济土壤、社会结构、国际条件四个维度综合作用的中国文化生成机制。在之后的研究中，冯天瑜教授一再充实、改进其文化生态理论，2021年《中华文化生态论纲》中将中华文化生成机制总结为地理环境、经济土壤和社会制度三层次。但在《中华文明五千年》中，冯天瑜教授又回到了其最初的思考原点，这也是其立足于当下所面临的国际环境所做出的选择，在新的参照系里，“中华民族怎样才能使自己的文明焕发活力从而迎头赶上？”这大概也是冯天瑜教授想要引起读者共同思考的中国文化发展的重大问题之一。