据史料记载,《新疆图志》 全帙最早的印行本,是在宣统三年十二月,由新疆通志局在乌鲁木齐利用木活字排版刷印,简称“志局本”。因时间仓促,这一版本存在不少错误,在印行之后不得不另钤红色活字做旁改处理。《新疆图志》 第二次印行在天津,时间为1923年,出版方东方学会对“志局本”的错误进行了修订,但在排版过程中也产生了不少新添的文字讹误。除了这两种刊印本,目前存世的还有一种抄本,分装为一百二十三册,每册以黄色绸缎包装,故称“黄册本”,里面有许多印本中未曾见到的图画。
2009年,北京大学中国古代史研究中心、新疆师范大学西域文史研究中心综合现有的三个版本,联手对 《新疆图志》 进行了全面的标点、校勘。经过近十年的编校,《新疆图志》 整理本得以面世,使图志编纂中的所有文献得以尽可能全面的展示。据透露,该书第一次将分离的图、志合刊,并对图志中与新疆及其周边直接相关的人名、地名编制了详细索引。据上海古籍出版社社长高克勤透露,《新疆图志》 是“西域文库”出版计划的开篇,接下来,该社将携手北京大学中国古代史研究中心、新疆师范大学西域文史研究中心奉献更多的西域文献整理和研究成果,为“一带一路”倡议提供历史支撑和学术支持。