叶挺遂于1939年2月初到重庆，同周恩来、叶剑英长谈后，于2月16日陪同周恩来回到云岭。这是周恩来唯一一次来到军部。在新四军军部，周恩来向中共中央东南局和新四军军部传达了党的六届六中全会精神，并商讨在大江南北全面开展敌后游击战争的战略对策。
1940年新年：接受中共中央提出“向北发展”的指示
为回击国民党顽固派掀起的第一次反共高潮，1940年，新四军军部在备战准备中于云岭度过了新年。本年新年后，针对当时的形式，中共中央书记处对新四军发展方针发出指示，着重指出：“新四军向北发展的方针，六中全会早已共同确定，后来周恩来到新四军时又商得‘向南巩固，向东作战，向北发展’的一致意见。华中是我们目前在全国最好发展的区域。”1月29日，毛泽东、王稼祥致电项英、叶挺：新四军“主要出路在江北，虽已失去良机，但仍非力争江北不可”。
1941年新年：“皖南事变”后重组新四军
1940年中，新四军粉碎了日伪的“清剿”，全军已发展到10万人以上。10月，国民党政府掀起第二次反共高潮，蒋介石还秘密下达了《解决江南新四军方案》。中共中央在揭露蒋介石罪恶阴谋的同时，为顾全大局，决定将皖南的新四军撤到长江以北。1941年新年，在云岭的新四军军部准备着全体开拔北移。
1941年1月4日，新年刚过，新四军军部率领皖南部队从云岭出发，往长江以北转移。1月6日，新四军军部率皖南部队行至茂林一带，遭到国民党军优势兵力的围攻，军部及皖南部队寡不敌众，弹尽粮绝，大部失散、牺牲或被俘，突围不足2000人。叶挺军长下山谈判被国民党军扣押，军政治部主任袁国平牺牲，副军长项英、军参谋长周子昆被叛徒所害。“皖南事变”发生后，周恩来等根据中共中央指示，向国民党提出严正抗议，揭发和抨击国民党的暴行。中国共产党的正义自卫立场得到了广大人民和海内外舆论的同情与支持，蒋介石集团在政治上陷入孤立。针对蒋介石取消新四军番号的决定，1941年1月20日，中共中央军委发布重建新四军军部的命令，任命陈毅为新四军代理军长，刘少奇为政治委员，继续领导新四军坚持长江南北的抗日斗争。
