地面上的人也干扰着考古工作。与伊拉克的巴比伦遗址等古代遗址不同，耶路撒冷现在依然是一座充满活力的城市，这里密密麻麻的教堂和神殿吸引着源源不断的犹太教徒、基督徒和穆斯林前来朝圣。即便只是在这里挖一个洞，都会被视为无礼行为甚至是公然的侵犯。1863年，在那位法国参议员第一次对城里的一座犹太人陵墓进行合法挖掘后，全世界的犹太人都发出了强烈的抗议。几年后，英国人的挖掘也引来了穆斯林的担心，他们觉得英国人想要破坏耶路撒冷卫城的城墙。这座卫城被犹太人称为圣殿山，穆斯林则称之为崇高圣所。当时，探险队队长为了开路，使用了火药炸开地下的岩石，所以这种担忧虽然听上去很怪异，但也是情有可原的。

从那以后，耶路撒冷的挖掘工作便不时引发示威游行和血腥暴乱，甚至引起国际危机，挖掘者则会遭到袭击和追捕。想到耶路撒冷进行考古研究，首先要胆子够大。

第一次世界大战接近尾声时，英国从奥斯曼帝国手中夺取了对耶路撒冷的控制权。到了1948年，英国放弃了对巴勒斯坦的控制权，犹太和阿拉伯势力继续争夺对该地区的控制权。在以色列独立后，其首都定为西耶路撒冷。另一方面，约旦军队控制了东耶路撒冷，耶路撒冷旧城和大部分古代遗址、神殿都在这一区域内。在1967年的六日战争（即第三次中东战争）中，以色列征服了东耶路撒冷并将其并入首都。虽然大多数国家认为是以色列侵占了他国领土，但这场战争使中东地区的权力格局再次发生了变化。

从那之后，以色列犹太人不仅可以改造耶路撒冷的地面景观，还终于有了机会一窥这座城市地下的秘密。鲁宾逊和他的多数继任者都是基督徒，新一代的圣经考古学家却不一样，他们基本上是不可知论者和无神论者，对证明宗教文本是真理这一点几乎没有兴趣。但他们又是民族主义者，对犹太人的历史着迷，并且认为圣经是指引他们建立新家园的基础。