虽然耶路撒冷的考古学研究方法已经更新换代，但旧城内部和周边地区的挖掘工作仍然总会引发争议。例如，在这片停车场的挖掘工作就惹怒了阿拉伯房主，他们将项目组告上了法庭，指控说挖掘工作威胁到了他们在考古坑两侧的房屋。而且，这个坑本身将用作一个大型游客中心的地下室，由一个备受争议的右翼犹太组织拥有和运营。加多坚持认为：“耶路撒冷应该像雅典和罗马一样被开发。”但与这两座古都不同，耶路撒冷如今仍然处在冲突的中心，这种冲突不仅是当今全世界的一大难题，还时常引发暴力事件。虽然耶路撒冷的考古研究可能已经逐渐采用科学手段，但想要在这里进行大规模挖掘，仍然很难回避宗教和政治问题。考古学家格林伯格说：“进行再多筛选，清点再多碎片，考证再多经文，分析再多古DNA，都无法改变这种复杂的局面。”

4、传统势力复兴

圣经对耶路撒冷和整个以色列的考古挖掘工作有着持久的影响。任何与圣经中那段耶路撒冷的千年历史有关的发现，都必定会被媒体报道。报道反过来又可以为挖掘工作引来捐款，而挖掘工作往往复杂而且成本高昂，在耶路撒冷更是如此，因此这些捐款非常重要。埃拉特·马扎尔去世后，耶路撒冷希伯来大学的优素福·加芬克尔接过了她的班。加芬克尔近期刚刚在城外完成了一系列挖掘工作，他认为自己发现了一处犹太人定居点，年代为公元前1000年后不久。他坚称：“我们发现了历史上的大卫王国，它有固若金汤的城池，还有自己的文字和行政系统。”但也有学者对此不以为然，例如芬克尔斯坦就指出，这些定居点只存在了几十年，并不能直接反映耶路撒冷本身的规模或地位。近年来，在耶路撒冷和周边地区的关键遗址的年代问题上，芬克尔斯坦和他的反对者之间的分歧已经缩小到了几十年，但加芬克尔的工作让学者重新开始争论，在以色列人刚抵达耶路撒冷时这座城市是什么样子。