然而，保护长城，并非易事。岁月的磨砺、风雪的侵蚀、战争的洗礼、人为的破坏，使现存的长城大部分处于残损的状况，保护任务十分繁重。
一是自然因素。由于长城多数分布在山地、荒漠、草原等地质条件较为严酷的地区，且多数为土质、木质或较为松散的石质结构，长城出现残损是在成百上千年的历史过程中逐渐形成，并且处于渐进而缓慢的状态。
二是人为因素。对于一部分散布在城乡人口密集区域周边的长城，则受到盗砖、取土、建设性破坏、游客不规范行为破坏等人为因素的影响。此外，随着国内长城旅游不断升温，对长城的开发肆意乱为，破坏周边环境、修建假古董等行为屡被诟病。“吃祖宗饭，断子孙路。”令众多长城保护人士感到痛心。
三是保护管理“力”不从心。尽管各地已颁布地方性法律法规或规范性文件，并完成相当一部分长城保护区划划定工作，但与长城巨大的体量和保护需求相比，仍是“杯水车薪”，长城保护管理力量严重不足，特别是长城沿线多是经济欠发达地区，保护力量匮乏一直是有待破解的难题。
在长城重点开发的段落，管理部门之间错综复杂的关系也妨碍长城保护。中国长城学会常务副会长董耀会对记者说，目前长城保护是多头管理，有的由文物部门管，有的是旅游部门管，还有的是企业来管，也有三方共管甚至个人管理的情况。“这种无序管理的局面，看着热闹，但长城保护工作得不到落实。”
保护长城应该怎么做？
长城保护，历来得到中国政府和有关部门的重视与支持。1961年，国务院将长城山海关、嘉峪关和八达岭公布为第一批全国重点文物保护单位；此后，各省(自治区、直辖市)一大批重要的长城段落被陆续公布为全国重点文物保护单位。1987年，长城成为我国第一批世界文化遗产。2006年，国务院颁布《长城保护条例》，这也是我国首次为单项文化遗产保护立法。
