黄克诚的建议和意见多是涉及全局和高层的，妥当写好他与领导层的关系，成了编写《黄克诚传》最难的一环。
例如，黄克诚多次与刘少奇发生争论。历史上，曾发生该不该打曹甸战役之争。解放后，又在天津发生过如何对待资本家和私人资本主义经济之争(黄克诚认为讲团结多了、讲斗争少了)、在湖南发生过近期工作重点应放在农村还是城市之争(黄克诚主张前者)。
大家达成共识：党和军队经过漫长的道路走过来，领导人之间和上下级之间难免有争论和磕磕碰碰。妥当处理的原则是不刻意回避争论，同时不能为突出传主而贬损他人。
即便作为中央军委批准的编写组，涉及高层领导，要查原始档案也不是件易事。去中央档案馆查档，要有解放军总部或中央文献研究室的批件才能部分调阅。黄克诚和老一代的政治局常委交集很多，涉及这一级别领导人的，档案无法调出，只能通过其年谱、传记、文章和讲话去印证。
编写组在查阅档案时，发现了1953年6月21日黄克诚写给毛泽东的一封信的原件。当时，根据毛泽东指示，彭德怀不在京、聂荣臻病休期间，由黄主持军委日常工作。他在信中建议加强总参和总后的领导班子建设，并建议由刚刚到北京的邓小平担任总参谋长，还提了几个副总长和总后副部长的人选。编写组请档案馆复印这封信，结果相关领导人的名字在复印件上都被删去。
“使我最难以支持的还是庐山会议”
庐山会议是传记编写的另一个难点，也是审批过程中被删减最多的一章，原来约4万字的篇幅只留了不到一半。
黄克诚自己也曾说：“我平生受过无数次斗争，感到最严重、使我最难以支持的还是庐山会议这一次。我一向有失眠症，经常吃安眠药，但最多不过两粒，这时每晚吃六粒，还是不能入睡。”
