原著里，孙悟空对抗的是整个天庭及佛教世界，但在电影里，与孙悟空发生冲突的，则是一个名为“天机处”的机构。郭子健解释，他希望通过这一改动，颠覆以往大家对天庭的认识。“以往的影视作品里，天庭就是各种神仙坐在云上面，你一句我一句地说话，就跟古代朝廷一样。我希望这部电影能给出一个具体答案：天庭怎么运作。”在他的构思中，天庭好像一个大公司，大老板坐在最上面，下面有各种层级和部门。老板是谁，大家都没见过，但大家能通过底下一些部门，看到他们如何调配人间命运。“电影里天机处的上圣天尊，就相当于天庭里一个部门的小头头，通过她能透视出整个天庭世界的运作。”
在郭子健看来，《西游·降魔篇》里黄渤饰演的孙悟空，是四五十岁已经绝望的孙悟空；《悟空传》里彭于晏版孙悟空，则是充满热血的年轻人。“跟所有年轻人一样，他一开始特别想让人知道自己的名字，到片尾变回猴子模样时，同样一句‘我的名字叫做孙悟空’，已没有嚣张气焰，而是非常低调，这就是人物的成长。”值得一提的是，彭于晏台湾口音很重，为了不让观众出戏，他共为这一角色配过十多次音。“只要有一个人说还能听出台湾腔，我们又把他叫回来重新配音。”郭子健表示，他们想尽可能做到最好。
一些原著书迷抱怨，电影砍去了书中关于唐僧、小白龙、沙僧的全部戏份，只剩下孙悟空这条线。郭子健解释，他需要先用一部作品把孙悟空的形象立起来，讲清楚他要与谁对抗、冲突是什么。“我不希望唐僧他们只是跑个龙套，如果出现，就一定要有分量。”这似乎意味着，《悟空传》极有可能还有续集。
