全国漕运总管机构在淮安
京杭大运河全长约1797公里，如此漫长的内河水运线，没有专门的部门来督管水利与漕运事务是不行的。明清两朝就设置了统管全国漕运事务的高级官员——漕运总督，此官职始设于明景泰二年（1451年），驻节于南直隶淮安府城（今江苏省淮安市淮安区），全称为“总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道”，不仅管理跨数省的运河沿线，而且还管理地方行政事务。漕运总督在明代和清初兼庐凤巡抚，管理凤阳府、淮安府、扬州府、庐州府以及徐州、和州、滁州；自1860年（咸丰十年）起，漕运总督还节制江苏长江以北诸镇、诸道，而各省的督粮道都隶属于漕运总督，可谓位高权重。
漕运总督府设于淮安，是看中其位于南北水运的枢纽。据《重修山阳县（淮安的旧称）志》载：“凡湖广、江西、浙江、江南之粮船，衔尾而至山阳，经漕督盘查，以次出运河，虽山东、河南粮船不经此地，亦遥禀戒约。故漕政通乎七省，而山阳实属咽喉要地也。”当时，千万艘粮船衔尾而至淮安，入淮北上。粮船卸载之后，再装满盐运往南方各地。这样既解决北方粮米缺乏之苦，又可将北盐南运，使淮安成为漕运、盐运集散地，客观上形成了在漕运史上的特殊地位。
不过，漕运总督的官署并不叫总督衙门，而是“总督漕运部院”，遗址位于现江苏省淮安市，占地约三万平方米，与当地的标志性建筑镇淮楼、淮安府衙大堂在同一条中轴线上。其规模宏大，保存完好，布局严谨。按清代官场规矩，人们尊称漕运总督为“漕台”，因其领兵，故又尊称为“漕帅”。又因其兼兵部侍郎及都察院右副都御史衔，故出行仪仗、官衔灯笼署“总漕部院”。沿海收粮起运、漕船北上、视察调度、弹压运送等，均需总督亲稽。每年漕船北上过津后，漕运总督要循例入觐皇帝，汇报漕粮完成诸事。咸丰年间，因战事频仍，咸丰皇帝特令漕运总督节制江北镇、道，这是漕运总督权威最重之际。漕运总督不受部院节制，向皇帝负责，可专折奏事。直到光绪三十年漕运全停，漕运总督才被裁撤。
由于漕运总督一职非常重要，明清两代多选能干官员担任。明代名臣陈瑄、李肱、李三才、史可法均担任过此职；清代施世纶、琦善、穆彰阿、思铭、杨殿邦等人也先后任过漕运总督之职。漕运总督权力显赫，不但管理漕运，而且还兼巡抚，因此也称漕抚。总督漕运部院机构庞大，文官武将达270多人，下辖储仓、造船厂、卫漕兵厂等，共约两万多人。最有名的漕运总督是阮元，他是乾隆、嘉庆、道光年间的名臣，先后任礼部、兵部、户部、工部侍郎，山东、浙江学政，浙江、江西、河南巡抚及漕运总督、湖广总督、两广总督、云贵总督等职。他在经史、数学、天算、舆地、编纂、金石、校勘等方面都有着较高的造诣，被尊为三朝阁老、九省疆臣、一代文宗。
