虽然总督漕运部院位于淮安，但通州在漕运史上自有其独特地位。沿运河运到通州的漕粮，都要验粮然后转运到京通各仓。从职能上来看，各省督粮道掌管各省收粮及押运粮食，归漕运总督管辖，而漕粮运到通州后，要由直属户部的坐粮厅署验收，再转运到京通各仓收储，粮仓则由仓场总督衙门管理。
从官员的品级来看，通州各漕运官员从二品的仓场总督、正四品的道台、正五品的坐粮厅朗中，到正五品的直隶州知州、正六品的主事、从六品的同知，最后是九品的巡检，而军事都司与守备则分别属正四品与正五品。在明清两代，通州作为政治与漕运城市的地理区位、政治环境、交通优势没有丝毫的改变，区别只在于外部威胁。明代通州受蒙元残余势力等威胁，所以要驻重兵防护城池与粮仓，因此通州驻扎有六卫。明代的军事体制是卫所制，据《光绪顺天府志·营制》载：“明洪武二十六年（1393），定卫所，其隶北平都司之在今顺天府者……有通州卫……”为加强北陲防卫力量，命徐达镇守北平府（今北京地区）且于京东重镇通州城内驻守重兵近六千人，称通州卫，直隶兵部。通州卫署设于北大街南部以东，坐北朝南。建文四年（1402），燕王朱棣夺得皇位，为增强其根据地军事力量，将安吉卫调至通州驻防，仍称通州卫，袭用旧署。在其决定将首都自南京迁往北京之后，就将通州卫升为亲军，命勋贵镇守。通州卫署周围形成街巷，名为通州卫胡同。不过，相对于明代六卫在通州的驻扎，清代通州的军事色彩变弱。
坐粮厅堪称“小户部”
在通州的各衙门中，坐粮厅是个特殊的机构。坐粮厅出自文献《明史·王国光传》，是明清官名，属户部，其创始人为明代万历初年的户部尚书王国光，当时王国光为了方便京城军队支取粮饷而设此衙门。《明史·王国光传》称：“京军支粮通州者，候伺甚艰。国光请遣部郎一人司之，名坐粮厅，投牒验发，无过三日，诸军便之。”到了清代，坐粮厅掌验收漕粮，由通州至北京水陆转运、北运河河工及通济库出纳等事，主官为满、汉各一人，由十一仓监督内补用，二年一期。
坐粮厅之名是有来历的。古时候，官府办公的地方，是下级官员听取长官布置工作任务的地点，所以这里就叫听事，后来省掉了“事”字，直接把这样的场所叫“听”，再后来又改叫做“厅”。“坐”是留守的意思，清代徐珂在所编辑的《清稗类钞》中有一句话：“省外各府州县，皆有坐省家丁。”这里的“坐”就有留守之义。坐粮厅是户部主管全国土地、户籍、赋税、财政等事务的部门，而在通州的坐粮厅除分管漕粮外，还在通州东西南北四门及杨富店、洪仁桥、浮桥、张家湾、新河口、崔家楼、东岳庙及南北鹅房等处征税，并在晏公桥征收粮税。
