清兵初入关时，立足未稳，加上大肆推行“圈地”政策，遭到百姓反抗。清廷在通州设十三营，由总兵统率，其驻扎的总兵府就是明代的尚书馆。康熙年间，因此处北毗西仓，西近后南仓，东临中仓，故将此改建为仓场总督衙署。每年春至秋季大运河漕运期间，户部委派总督仓场侍郎满汉各一员与都察院遣巡仓御史满汉各一员，共四位大员至此总理漕务。仓场总督衙署下设东科、西科、漕科、详科、印科等5科，共同办理漕运事务。仓场总督衙署内建有理事厅一座，恢宏轩敞，为四名朝廷大员共同议理漕运、仓场等事之处，远近闻名，遂称为四员厅，在四员厅附近的街巷遂称为四员厅胡同。
在四员厅共议漕运的大员中，都察院所遣的巡仓御史扮演着特殊的角色。清初继续沿用明朝的审计体制，分设都察院与六科给事中，前者侧重于地方和军队的监察审计事宜，后者侧重于中央机关的监察、审计和纳谏事宜。雍正元年(公元1723年)，将六科给事中并入都察院，审计大权一统于都察院，使都察院在机构、地位和权威等方面，都比以前有所加强，其主要职责是“纠察百僚，纲维庶政”。都察院下设15个监察御史，以及巡仓御史、巡漕御史、巡盐御史等职官。其中，15个监察御史分别负责管辖内的审计监察事务，又分领对内阁、六部、诸院、寺、府的审计监察事务。巡仓御史、巡漕御史、巡盐御史等各自负责某一特定的审计监察事项。
漕粮事务在清代一直弊端丛生，著名书法家包世臣还写过《剔漕弊说》，称清代捐官大都集中到漕运等几个衙门，纯属“借帮丁脂膏”，逢关过卡，运米入仓，处处勒索，“沿途过闸，闸夫需索，一船一闸，不下千文”。除此之外，粮仓是一些官员眼里的肥肉，以次充好、变卖漕粮、中饱私囊时有发生，以至于通州地区一度兴起酿酒业，并形成大烧酒胡同、中烧酒胡同和小烧酒胡同，还有东麦芽胡同和西麦芽胡同。直到漕运停止后，通州的粮仓废弃，该处的酿酒业才逐渐没落。
正因为漕运舞弊严重，巡仓御史的作用就尤为重要，其职责是掌稽察京帅禄米仓等十二仓及通州中、西二仓，审核其出纳情况，禁止盗窃，厘除弊端。可惜的是，有清一代，围绕粮仓发生的弊案层出不穷，电视剧《天下粮仓》就演绎了围绕粮食接连发生的“火龙烧仓”、“阴兵借粮”、“耕牛哭田”等惊世奇案。
