司空分署主管工程
在通州的漕运衙门中，司空分署的地位也较为重要，因为该衙门主管着修缮闸坝、培护堤岸、疏浚河道等工程。
通州是北京的东大门，处于水陆交通要道，即可起到拱卫京师的作用，又对漕粮北运有着无可替代的作用，所以通州的战略地位非常高。北运河在通州城的东边与白河、温榆河等多条河流相汇，每年夏秋交替之际，因雨量较大，河水上涨，洪水泛滥，常常冲决堤岸，导致两岸田庄淹涝，还使得漕运不得不停止。如《光绪顺天府志·故事志五·祥异》载：“嘉靖三十二年秋，通州淫雨，运河冲决张家湾麴店，皇木厂大木漂流，甚为民害。”又：“万历三十五年闰六月，淫雨一月，平地水涌，通惠河堤闸莫辨。张家湾皇木厂大木尽行漂流。”因此，通州地区修葺城池、堤岸、闸坝等大型工程颇多，所以明朝就在通州旧城西偏北部、州衙之前建了个工部分署。工部起源于周代官制中的冬官，长官曾称大司空，为掌管营造工程事项的机关，后来成为各朝代的六部之一，长官为工部尚书。工部分署即工部派出机构，以郎中任之，掌管通州重大工程。
因古代主管工程部门的官员曾称为司空，所以在通州所建的工部分署也就叫作司空分署。久而久之，在司空分署门前形成东西向的一条街道，大家就把它称为司空分署街。司空分署街位于通州区西北部，东起北大街，西至西塔胡同。
明万历三十八年（1610），工部郎中陆基恕主持在此街东口跨街建筑一座奎星楼，计三层，底层为拱券通道，顶层设奉文昌像，即天权玄明文曲星君，亦有称文昌帝君者，是掌人间禄籍之神，因文人墨客去文庙祭孔必经北大街，或穿此楼通道而西再北行入庙，故而建奎星楼，鼓励士子力学上进。因此此街又俗称奎星楼胡同。清乾隆三十九年（1744）该楼起火，上二层尽毁而未复建，此后奎星楼胡同的称呼渐渐就被大家遗忘，而仅称为司空分署街。漕运停止后，通州的司空分署也被撤销，原址改建为县立小学校，即今司空分署街小学。
通州的漕运衙门还有很多，比如负责漕运官兵事务的漕帅府、设在张家湾城内的漕运厅等。除了朝廷设在通州的漕运衙门外，通州还有不少各省的办事处。远来的漕船漕丁难免受到刁难与拖延，甚至舞弊肥私，于是各省布政司或巡抚衙门，以及粮帮盐帮组织，纷纷在通州设立漕运总局或漕运会馆，负责交纳漕粮、钻营打点使银子，并处理漕粮潮湿及缺欠等问题。江苏漕运总局设于通州北门内贡院胡同，分局设在北关小口。浙江漕运总局设在通州北门内剪子巷，即今安抚胡同，分局在北关砖厂。南方会馆名气最大的为江西会馆，始建于清乾隆三十年（1765），知州万廷兰率江西运丁，在城内罗家桥修建许真君庙，作为处理江西漕务的会馆，并于道光元年（1821）重修，更名万寿宫。
小小的通州城内，衙门如此之多，以至于从北京到通州办事的官员络绎不绝。明代著名文人、华盖殿大学士、兵部尚书杨士奇曾赋诗一首，名为《通州》：“城依红云下，门临绿水滨。宝鞍驰骏马，都是帝京人。”
