（上图）玄奘顶骨下落成谜
消息在《申报》上公布：“日本高森部队于南京中华门外建筑稻垣神社时，发现报恩寺旧址内埋有玄奘法师遗骨及佛像铜匣等，并有宋天圣五年和明洪武十九年两部葬志。”在挖掘地发现的石函内，有众多佛像、佛器及珠宝，石函两侧刻有记载唐僧顶骨迁移的渊源文字，与文献所记载一模一样。
（上图）玄奘顶骨下落成谜
石函一侧有铭文：“大唐三藏大遍觉法师玄奘顶骨，早因唐末战乱废塔，今长干演化大师可政于长安传得，于此葬之。天圣丁卯二月五日同缘弟子唐文遇、弟文德、文庆、弟子丁洪审、弟子刘文进、弟子张霭。”另一侧的铭文为：“玄奘法师顶骨塔，初在天禧寺之东岗，大明洪武十九年受菩萨戒弟子广福……普觉迁于寺之南岗三塔之上……”这些在《建康志》、《新金陵志》上都有记载。
人们这才确信，锦盒里保存的真的是唐僧顶骨。石函出土后，陪葬品被哄抢一空，日寇将唐僧顶骨打碎成多份掠至日本。南京市民读了《申报》，一时群情激愤，议论纷纷，要求汪精卫伪政府出面干预此事。唐僧顶骨重现于世，却又落入日本人手里，国内要求归还的呼声日益高涨。上世纪40年代初，经汪伪政府交涉，日方私自留下其中1份，剩下的归还中国。
此时，日军在太平洋战争中屡屡失利，已开始走下坡路。汪精卫正为自己的前途而惴惴不安，想利用此事来笼络佛教徒，就派白隆平和日军交涉。谈来说去，日本人勉强答应把头骨分为两半，一半掌握在日本人手里，另一半交给汪伪政府。
汪精卫得到头骨后，就装腔作势地派汉奸诸民谊在南京九华山(不是“四大佛山”之一的安徽九华山)上建了一座三藏塔，把半块头顶骨安葬在塔下。至于另外半块头骨的下落，则有几种不同的说法。
一种说法是：日军原打算将另外半块头顶骨送走，但不久战败投降，慌乱撤退时把它给忘了。抗战胜利后，由国民党中央博物院筹备处接收。解放后，先放在南京佛教协会，后来收藏在灵谷寺玄奘法师纪念堂里。
另一种说法是：半块头顶骨已经被运到日本，1956年送到了台湾，如今在台湾日月潭玄奘寺三藏塔中供奉着。而还有一种说法是，唐僧顶骨在我国还有多份，西安、广州、天津、北京、南京、成都等地近年都有消息传出。
（上图）玄奘顶骨下落成谜
最新记载：日军随军记者亲见被劫到日本的唐僧舍利
而据文献记载，1955年，以郭沫若为团长的文化访问团出访印度，将天津的那份顶骨送给了印度，至今供奉在印度那烂陀寺;日本私自留下的1份顶骨，后来分成3份。在1953年秋天，由章嘉大师、印顺老法师及李天春居士向日本争取，其中1份才归至台湾日月潭修建的玄奘寺供奉。日本留下的两份分别供奉在奈良市的药师寺和琦玉县的慈恩寺。
在刚刚由中共党史出版社出版的《日军侵华罪行纪实1931———1945》中有一段记载：“日军在南京郊外建飞机场时，铲掉了一座荧光闪闪的古坟，发现其中竟有唐玄奘的舍利。侵略者借口‘弘扬东亚佛教’，竟将部分唐僧舍利盗往日本，藏在琦玉县那座与中国西安同名的慈恩寺中。
