德国在1948年加入了WMA，虽然纽伦堡审判结束，但对医学犯罪者的惩戒并没有点到为止，200余名涉案医生被格除公职、撤销论文、剥夺学位，90余人被终身禁止行医。时至今日，德国对于迫害人类的纳粹医生的追捕仍未停止。与之形成强烈对比的是，日本731部队原成员金子顺一、吉村寿人等在战后竟可以利用沾满鲜血的人体实验数据成果编写论文，畅通无阻地拿到医学博士学位，进而摇身一变成为道貌岸然的学界权威。
1952年，原731部队冻伤研究班班长吉村寿人在日本生理学杂志上发表人类冻指研究相关英语论文，文中甚至使用了出生3天的婴儿的实验数据，被指在战时用出生3天的中国婴儿做人体实验。1978年，吉村寿人因为在“环境适应学”方面的贡献，获得日本政府勳三等旭日章，1990年病故。1981-1983年，日本作家森村诚一在日共《赤旗》杂志上发表731部队医学犯罪三部曲《恶魔的饱食》，使得吉村寿人声名狼藉，还在1984年撰写回忆录《喜寿回顾》出版为自己“鸣冤”。吉村是战后731部队将校技师中唯一出来跟媒体论争的，尽管终其一生他都否认自己参与过人体试验，他的书仍然让后世的研究者从侧面窥见731部队与大学间勾结的内幕。
1951年3月日本医师会为加入WMA提出书面申请，面对当时已被媒体曝光、为国际共知的犯罪事实，只是以“本会谨代表日本医师全体对战时敌对国家人们施加的众所周知的残虐行为强烈谴责与声讨”一语带过，这也是迄今为止日本医师会针对战争医学犯罪的唯一官方声明。即便如此，依旧仍顽固分子认为这是国际社会给日本医学界强加的莫须有罪名。同年10月被批准加入WMA后不久，一本日本厚生省背景的医学杂志上便出现了“日本医学界只是被迫屈服于军部权力而非在做战争的帮凶”为731部队医学者公然翻案的论调文章。1952年，日本学术会议提请政府加入禁止非人道生化武器制造与使用的《日内瓦公约》，被日本医师会否决，推动否决的大多是731关系网内的学者。1955年，时任日本医师会副会长的木村廉在熊本大学做演讲，台下有记者问他如何看待石井四郎与内藤良一在731部队所作所为，木村廉脸色铁青，把这名记者轰了出去。因为木村廉正是石井四郎与内藤良一的授业恩师，战时从军部获得的好处并不比京大医学部长户田正三少。
1972年中日邦交正常化，两国民间科学技术交流活动加速，731部队医学犯罪成为横垣在两国学术界之间的最大阻碍。10月25日第62回日本学术会议总会上，40余名物理学者、历史学者、精神卫生学者联名上书，要求革去吉村寿人与北野政次两人在日本学术会议担任的南极特别委员会医学部职务，作为对中国学术界的回应。由于吉村与北野两人在被媒体曝光后早已名声狼藉，日本医师会会长武见太郎只能“弃卒保会”。1989年，东京新宿原陆军军医学校遗址发现人骨，媒体质疑是731部队实验用人体标本残骸，但日本医师会拒绝派出专门小组进行人骨鉴定，东京新宿区只得委托札幌学院大学人类学教授佐仓朔进行鉴定，确认人骨为60-100年前东北亚蒙古系人种。
1989年起，“医疗伦理”成为德国医科生必修科目，而在日本至今只有大阪医大强制必修。尽管1990年代以后日本医学界也开始普及医疗伦理教育，但日本医学界仍然没有对731部队进行反省，只有地方性的日本保险医协会发表了谢罪声明。2007年在大阪举行的27届日本医师会总会一度被看作清算这段历史的最好机会，当时的讨论主题是 “战争、医者与伦理”，还邀请了当时中国731部队罪证陈列馆馆长王鹏与会参加讨论。会议达成了促请日本医师会对731部队在内日本医学战争犯罪进行谢罪的决议，然而10年过去了，依旧石沉大海。
2010年，日本与德国医学界联合对各自医学教育机构的学生进行“医疗伦理教育调查统计”。双方对医疗伦理的认知比例差不多，但关于赫尔辛基宣言与医师战争犯罪两项，日本远低于德国，连30%都达不到。
如果说过去日本医学界拒绝反省战争罪行的主要原因是受到731部队关系网中的医学权威掣肘，那么战争已经过去72年了，当初那些权尊势重的当事者都已亡故，在战后民主社会成长起来的日本医学人士为何仍然推动不了反省？这和贯穿战前战后的日本医局制度有关。
医局制度是1893年东大率先从德国引入的“公立医院管理体系”的核心机制，德国1960年将其废除，日本却沿用至今。这一制度决定了日本公立医院各科室的大权不在院方手上，而在各国立大学医学部和医大的教授手中。医局设立的初衷是为了保障日本医疗供给体系始终围绕学院权威运转。由于医学生专业特殊，培养周期长，几乎半生都不会脱离医局，这就造成了医学部教授对自己的弟子有生杀大权。而日本医界权力的金字塔顶尖又是以东大与京大为首的六所国立大学医学部组成，加上私立的庆应大学，以医局为辐射构成了日本七大医阀，由上至下把持了日本主要医学机构和大型医院的人事网。这些名门学府70余年前都曾卷入那场“疯狂的医学盛宴”，一阀之内一荣俱荣、一损俱损，在裙带利害关系下，谁又敢冒天下之大不韪“欺师灭祖”呢?
2014年2月11日，京都大学医学部资料馆落成展上特意陈列了两张关于石井四郎与731部队的写真板画，但仅仅过了一周，校方又偷偷把这两幅板画撤下。对于京大医学部来说, 与731部队医学犯罪的交集似乎是永远无法承受的黑历史，但德国已经用深刻反省的姿态和行动告诉我们，从来就没有无法背负的历史，只有不想背负的历史。
