但是，恰是因为毛文龙始终将皮岛作为大本营，这座总面积仅有19.2平方公里的小岛上耕地面积极为有限，而毛文龙部兵额始终在3万以上，加上从辽东逃难而来的百姓，总人口至少超过10万，因此粮食供给必须依赖海运。而相比之下，旅顺地区空间宽裕，南部沿海地区总面积也在500平方公里左右，如果通过挖掘人工运河将半岛与大陆隔开，同样可以满足防守需要，粮食供给则轻松得多。
正是由于皮岛粮饷供给困难，毛文龙部一方面要不断袭击后金获得战果，另一方面只能不断向登州和明廷要钱要粮，于是“所上事多浮夸，索饷又过多，岁百二十万，兵二十万”。而同时期“登镇官兵食饷十三万三千五百两有奇”（登州巡抚手下除东江镇外，兵力仅有8000）。为了解决粮饷问题，毛文龙开动脑筋。他最初希望依赖朝鲜供粮，不想朝鲜因为连年战乱和灾荒，自身粮食供给都有巨大问题。后来毛文龙干脆将东江皮岛变为一个走私贸易基地，希望借助贸易来获得所需的军饷、粮食甚至是武器。但此举虽然缓和了粮饷不足的问题，却触动明朝海禁的基本国策，获取的巨额收益让各方为之眼红。“毛文龙号为一军，岁饷八十万，皆从登州达皮岛中，而辽地一切参貂之属，潜市中土者，亦由登地内输。”连朝鲜李朝户曹官员都知道“毛都督于岛中接置客商，一年税收，不止累巨万云”。加之毛为人桀骜不驯，将朝中大员和袁崇焕等边关经略将帅得罪了个遍。
1629年6月，毛文龙在双岛被袁崇焕所杀。仅仅六个月之后，袁崇焕就被捕下狱，罪名之一便是“擅杀大帅”。但无论是杀毛文龙，还是抓袁崇焕，都没有把东江镇逐渐藩镇化的问题解决掉。袁崇焕将皮岛部队分为两部分，一部归毛文龙旧部陈继盛统领，一部归刘兴祚兄弟统辖，陈继盛算是代理总兵，而袁崇焕更为信任的刘兴祚掌管皮岛实权。两部本有矛盾，袁崇焕是两种势力参用，借刘兴祚压制毛文龙旧部，所以此时皮岛并没有群龙无主。然而，崇祯三年正月，率兵入援的刘兴祚战死，这才导致整个东江镇无主，而本来想杀毛文龙将事权归于己的袁崇焕此时已在狱中。随后事态发展果然失控，后金招降刘兴祚的兄弟，陈继盛又密报孙承宗，当时又有谣言说明廷将借调兵除去刘氏兄弟，当孙承宗的调兵檄文至时，刘兴祚的弟弟刘兴治设计杀死陈继盛。刘兴治又被参将沈世魁杀死。随后朝廷派辽东籍将领黄龙接任东江镇总兵，但黄龙很快就从皮岛被赶到旅顺。
