当然，蔡元培并非毫无在仕途上发展之意。1898年维新变法中举行经济特科考试，蔡元培还是报名应征了。但是，维新变法很快失败，经济特科暂停。紧接着是庚子之役，八国联军侵华，直到1903年才重新开设。但是，此时的蔡元培已经广泛阅读新书新报，更进一步了解西方的政治文明和科技文化。他真切看到清政府的颓丧，已不足恃，遂彻底断绝了在清政府走仕途之念。在这一时期，他坚定的一个看法是，唯有通过教育培养人才，才能政治革新。于是，他以翰林身份翩然出京，到上海去教书，办中小学，搞教育实验。不久，又与江浙志士组建光复会，开始走上革命反清之路。以翰林弃官而闹革命，蔡元培还是第一人。
