进入翰林院可谓当时中国读书人最高的荣誉。从品级上看，蔡元培这个翰林院编修在六品左右，官职不大，工作十分清闲，不过是读读书写写文案而已。然而，翰林院是帝国的储才机构，由翰林而登堂入室，成为封疆大吏甚至位极人臣者，并不少见。曾国藩、李鸿章便是最好的例子。进入翰林院的蔡元培，还是个传统的中国文人。如当年的曾国藩一样，他每日在翰林院研究中国的大经大法，思虑如何“文章报国”。比如，1894年蔡元培的日记记载：“十有二日，读三国志注；十有三日，读《少帝纪》；十有五日，读《管子》十卷；二十有二日，读《魏书·倭国传》，二十有三日，读《吴三嗣主传》……”
1912 年2 月，教育总长蔡元培作为迎袁专使之一，奉命北上催促袁世凯南下就职
开始放眼世界
然而，蔡元培的时代已经不是曾国藩、李鸿章的时代。清政府的内忧外患日益加深，已经风雨飘摇自身难保。最大的震动是1895年清政府和东邻小国日本签订《马关条约》。蔡元培在日记中记录：“圣上谦抑，博访廷议，而疆臣跋扈，政府阘茸，外内狼狈，虚疑恫喝，以成炀灶之计，聚铁铸错，一至于此，可为痛哭流涕长太息者也！”由是，蔡元培追随翰林院讲学士文廷式上奏光绪帝，要求联合英国德国抵御日本人。然而，书生无力，改变不了割地赔款的事实。目睹甲午惨败和马关的城下之盟，蔡元培大概还没有完全意识到清政府不可依靠，但是已经淡了仕途之念。他开始阅读西书，而非经史子集。
1896年，蔡元培日记的书单里，已经多是《电学源流》《电学纲目》《电学入门》《化学启蒙初阶》《代数难题》之类的书。作为一个翰林，阅读这些西方的“奇技淫巧”，还是很少见的事儿。但蔡元培如饥似渴，吸收各种新知识。为了了解世界，他还开始学习日文、英文、法文、拉丁文等。蔡元培的路，已经和传统读书人从翰林而伴君侧越来越远了。这时，他为自己写了一个对联“都无做官意，唯有读书声”。因此，康有为、梁启超的维新变法，他没有参与。究其原因，一方面他认为与康梁等没有渊源，耻于巴结，另一方面他认为维新党人轻浮，并不能持久，第三是他不赞成这种仅仅依靠上谕的表面改革。
