1945年新年：迎接抗战胜利
1945年1月1日，新四军军部还是在黄花塘度过新年的。当日，新四军直属队召开庆祝1945年元旦大会，在会上作了《目前时局与华中敌后的任务》的报告。中共中央华中局提出1945年的工作方针，指出：目前德国覆亡在即，日本失败已成定局。我们今后的任务：一、扩大解放区；二、加强城市与交通要道工作；三、继续发展生产；四、进一步巩固解放区；五、用最大的力量和一切可能的办法，改组一党专政的国民政府，建立民主的联合政府。
同日，新四军政治部发出关于拥政爱民的指示：第一，去年拥政爱民工作的成绩和缺点；第二，今年拥政爱民的工作；第三，各级政治机关应切实研究过去各种造成军民关系与军政关系不和谐的基本原因，并应讨论具体解决的办法，通令各地遵守。
1946年新年：与山东军区重组、合并
1946年的新年，军部机关是在与山东军区机关重组、合并工作中度过的。
1945年8月，日本宣布无条件投降。根据中共中央的战略部署，新四军军部和新四军主力离开苏北，北移山东，于1945年11月抵达山东解放区首府临沂城。
为保卫胜利果实，回击蒋介石的挑衅，1945年12月27日，陈毅任司令员，黎玉任政委的津浦前线指挥部指挥了津浦路战役，歼灭国民党军2.8万余人。1946年1月7日，中共中央、中央军委致电各战略区，决定新四军军部与山东军区合并，任命新四军军长陈毅兼山东军区司令员。
1947年新年：指挥鲁南战役
从1946年6月下旬开始，国民党撕毁停战协定，发动全面内战，大举进攻山东、华中解放区。山东军区各部队在多地抗击进犯的国民党军。
1947年新年，新四军军部已移驻临沂城东近郊的前河湾。为应对国民党军的进攻，新四军和山东军区部队坚决反击，1947年1月2日至20日，陈毅、粟裕等指挥进行了鲁南战役，全歼国民党整编第二十六师、第一快速纵队、整编第五十一师等部共5.35万人。此后，蒋介石不得不放弃对解放区的全面进攻。
1947年1月，遵照中共中央军委命令，撤销新四军兼山东军区番号，山东军区与华中军区合并组成华东军区，山东军区所属各军区直属华东军区领导。1949年2月，中央军委决定，华东军区机关离开山东南下，另组建山东军区，归华东军区建制。
