在巡按御史之外，明朝在永乐之后，又向地方派遣巡抚。巡抚的权限最初和巡按御史相近，都是监视地方官员，同时也有牵制巡按御史之意，防止其权力过大。起初，巡抚和巡按御史一样，都是朝廷派出，完成使命后随即返京，并不在地方常驻。但是，在嘉靖前后，巡抚逐步开始了地方化和制度化过程，巡抚逐步成为一省的行政首脑，各省都指挥司、按察司、布政司都受其节制。为防止巡抚权力过重，明廷又赋予巡按监督考核巡抚的权力。有关二者的权限，早在嘉靖初年，朝廷就作出详细的规定：
凡徭役、里甲、钱粮、驿传、仓廪、城池、堡隘、兵马、军饷，及审编大户粮长、民壮快手等项、地方之事、俱听巡抚处置。都布按三司、将处置缘由、备呈巡按知会。巡按御史出巡、据其已行之事、查考得失、纠正姦弊。不必另出已见、多立法例。其文科、武举、处决重辟、审录冤刑、参拨吏农、纪验功赏、係御史独专者、巡抚亦不得干预。
从官方的礼仪制度看，巡抚似乎比巡按要高。按照朝廷规定，双方在集体场合同时出现时，巡抚据首席，巡按当据副手：
凡在外抚、按官相接，巡抚望巡按，到仪门下轿马，巡按迎至后堂，巡抚坐上席，巡按前席隅坐。巡按望巡抚，前门下马，由偏门而入，巡按隅坐，巡抚坐前席。如遇会勘公事，巡抚正面居中坐，巡按正面隅坐。习仪、拜牌、祭丁及迎接诏敕等项，巡抚居左，巡按居右，巡按仍让巡抚于前。其巡按与提学、中差御史相接，如常处，照依进道先后次序。公会，须让巡按。
但是，如果考察巡按的权限，就不难发现，巡抚实际上很难在和巡按御史的较量中占上风的。因为巡抚负责的是地方具体的行政事务，而巡按御史有权对各省已行政务“据其已行之事、查考得失、纠正姦弊”。这就把巡抚置于巡按的监督范围之内。更重要是，巡按御史出巡，除了考察地方政务外，还负责“文科、武举、处决重辟、审录冤刑、参拨吏农、纪验功赏”，而且这些工作，按照明廷的规定，“系御史独专者，巡抚亦不得干预”。文武科举、司法案件都是地方核心事务。而参拨吏农、纪验功赏，更是关乎一省大小文武官员的前程。巡按御史把这些权力掌握在手中，自然具有凌驾于巡抚的资本，朝廷有关巡按巡抚的礼仪规定自然成了一纸空文。关于这一点及其衍生的有关流弊，嘉靖年间的胡世宁就已经提请朝廷注意。他说：
