西班牙跟葡萄牙不同，它在非洲大陆没有直接的经济利益，西班牙对新世界的兴趣更大，包括力图在意大利建立其优势。但北非对西班牙造成的挑战使其不得不做出回应。1497－1505年间，北非的穆斯林对西班牙海岸发起多次猛烈攻击，并与格拉纳达的穆斯林起义形成了呼应，在地中海航行的西班牙船只更是经常遭遇穆斯林的攻击。为了应对这些挑战，西班牙在十六世纪初夺取了马格里布的很多港口，包括阿尔及尔与的黎波里。不过，西班牙人根本就没心思去确保对这些港口腹地的控制，这些港口的生存只能靠来自西班牙的供应，甚至包括食物。西班牙未能占领的地方则成为海盗的活动基地。
之后，奥斯曼土耳其人先后收复北非港口，并以这些港口为基地袭击欧洲的船只。在后来的竞争中，北非港口几经转手。土耳其人曾在十六世纪后期遭受两次大败，并因此失去了对地中海航线的掌控。但土耳其人保住了北非的主要港口基地，并从这里继续袭击基督徒的船只。这些北非港口背后的内地已经成为奥斯曼帝国正式的疆土，不过，伊斯坦布尔派驻的官员们主要还是居住在城镇里。这些地区内部的事务并没有被真正控制。
在这一过程中，海盗的角色值得一提。海盗作为一种私人武装在地中海地区是有传统的，而且往往与地方政权结合在一起，甚至还有政府发给海盗们的可袭击敌国船只的许可，这些情况不只是在穆斯林一方存在，在欧洲这一方也并不罕见。海盗们并不是那么容易控制的，有的北非海盗与内陆的柏柏尔人部落结盟，威胁到了当地政权。结果当地政权不得不与西班牙人合作。1516年，在城里那些痛恨西班牙的、来自伊比利亚半岛的穆斯林移民的支持下，海盗们从西班牙手里夺取了阿尔及尔。
