1516－1517年，奥斯曼人吞并了埃及的马穆鲁克，非常关注西班牙人最近在北非的活动。奥斯曼帝国与阿尔及尔的海盗建立了联系，并派出军队、战舰以及大量的现金支持海盗，借以袭扰西班牙人。海盗为奥斯曼政府卖命，阿尔及尔也成了奥斯曼帝国事实上的海军基地，迅速崛起为地中海上发达的港口城市。
十六世纪中叶，西班牙人不得不与奥斯曼帝国及其海盗联盟在北非抗衡。其间，突尼斯五次易手；西班牙还曾发动对阿尔及尔的大规模远征，但因为风暴而失败；海盗又夺取了西班牙控制下的的黎波里，这儿遂成为海盗袭击西西里和意大利的主要基地。奥斯曼帝国也有失利，比如远征马耳他失败。总之，西班牙人和奥斯曼及其盟友互有胜负。双方最终都认识到，再这样斗下去，彼此都得不偿失。1580年，他们签订了条约，承诺维持马格里布的现状。三年后，西班牙吞并了葡萄牙，并接管了葡萄牙在非洲的一些港口。但在接下来的几百年里，西班牙逐渐放弃了其绝大部分在北非的港口。
在十六世纪后期，除了摩洛哥外，马格里布的大部分变成了奥斯曼帝国的行省。尽管当地的政治动荡还在继续，但是，其版图在奥斯曼帝国的控制下维持了四百年的稳定。其间，的黎波里和阿尔及尔迅速发展壮大，奠定了北非现代国家的基础。
奥斯曼帝国对北非领地的松散控制对当地精英是有利的，他们继续纵容和支持穆斯林海盗与基督徒海盗之间的竞争，并从中受益，阿尔及尔的崛起在很大程度上就是得益于海盗带来的财富。海盗的活动影响范围极大，甚至也会袭击奥斯曼帝国的船只，更是给西方人造成了巨大的威胁，从十六世纪早期到十八世纪晚期，上百万欧洲白人被掳为奴，大量的物品被掠夺，以至于新生的美国海军也被迫卷入打击海盗的行动。（海盗在当时的世界并非罕见，荷兰、法国和西班牙王室也曾支持本国海盗。掳掠而来的人口被卖做奴隶更是司空见惯。还有一些自称穆斯林的海盗其实就是欧洲的亡命之徒，他们只是为了利益而暂时宣称皈依了伊斯兰教。）直到十八世纪，欧洲人才终止了北非海盗的活动。
