朱棣称帝后纂改《太祖实录》，把能得到的资料全部纂改，拼命证明自己就是马皇后生的，还拿出很多证据证明他当皇帝是合法的，证明朱元璋有意传皇位给他。而朝鲜的一条史料足以戳穿朱棣的谎言。1389年，朝鲜使臣权近等人在北平拜谒燕王，回国后写了一本《奉使录》。里面说，他到北京燕府去见燕王，可是很不凑巧，那天是农历七月十五日，是燕王妈妈的忌日，燕王不见客人。马皇后是八月初十去世的，所以说朱棣不是马皇后亲生。
朱元璋艰难决定：立16岁的朱允炆为皇太孙，只有嫡长子继承皇位，大家才拥护。朱棣不是马皇后的亲儿子，所以经过权衡，朱元璋作了一个异常艰难的决定：立16岁的朱允炆为皇太孙。这让朱棣十分窝火，十分不服气。一次，他用手拍拍皇长孙朱允炆的背，讥讽地说：“没想到我侄儿还能有今天的荣耀啊!”这一情景，恰好被朱元璋看见，厉声责问朱棣：怎敢对皇长孙如此无礼?朱允炆急忙打圆场，才没让朱棣十分难堪。
立皇太孙的第二年，朱元璋还是担心朱允炆太文弱，压不住阵脚，管不住军队，于是开始大杀功臣，蓝玉、胡惟庸集团先后被清洗。用历史的眼光来看，朱元璋当初的选择是个错误。如果选朱棣当皇帝，就不会出现后来历时4年的内战。但历史不相信道德，也不相信眼泪，它只相信实力。朱棣发动战争，将朱允炆赶下台取而代之。为抹杀篡权的形象，防止天下人心不稳，朱棣拼命说谎，证明自己就是马皇后的亲儿子。指“马”为母，万不得已……
