锦衣卫的首领称为“指挥使”，一般由皇帝最亲近的将领担任（很少由太监担任）。每当明朝皇帝有所疑虑和担心时，“缇骑”便四处出击，上到王公大臣，下到黎民百姓，全在他们监视和查捕的范围内。锦衣卫还有一项著名的职能——执掌廷
杖。“廷杖”是明朝特有的惩罚朝臣的一种酷刑。大臣们惹怒了皇帝，就会被拉出午门执行“廷杖”。锦衣卫将大臣绑好之后便是一顿乱棍，很多大臣都枉死于这种酷刑之下。
锦衣卫发展到后来，由于权限太大，便成了宫廷争斗的工具。很多奸臣勾结锦衣卫“指挥使”编织罪名，残害忠良，祸国殃民，锦衣卫也迅速堕落成为明代衰亡的一大恶疾。
东厂、西厂和内行厂
在明朝，与锦衣卫的设置并列的就是东厂、西厂和内行厂，其中最主要的是东厂。
东厂又称东缉事厂，是明朝特有的特务机关和秘密缉査机关，由明成祖朱棣设立。由于朱棣是从自己的侄子手中夺过的皇位，名不正言不顺，因此格外在意自己权力的维护和巩固。为了镇压政治上的反对力量，扑灭谋反篡位的阴谋，他设立了直属于自己的新的特务机关——东厂。东厂的职能是探查、缉捕叛逆奸邪分子，职能上与锦衣卫并立。与锦衣卫不同的是，东厂的首领由皇帝信任的太监担任，称作“东厂掌印太监”或“厂主”、“厂督”。
起初，东厂只负责“抓人”，而后交由锦衣卫处理，后来逐渐也拥有了“自行处置”的权力，有专属的监狱。又由于太监群体更为接近皇帝，也更受皇帝信任，东厂的地位逐渐提升，后来居上，与锦衣卫的关系从平级变为上下级关系（东厂的权力更大）。东厂内部也分各种职能机构，一般是从锦衣卫中选派精干分子担任，在具体的行动中也比锦衣卫设置更为严密，有合理的分工和严格的制度。例如，每个月的第一天要集中布置工作，每个人有固定的负责区域等。
