这个矛盾在程甲本整理时显然被发现了，但程甲本的整理者并没有搞清楚顽石与神瑛侍者的关系。但为了解决这个矛盾，整理者擅自加了不少字。庚辰本上写道：
谁知此石自经锻炼之后，灵性已通，因见众石俱得补天，独自己无才不堪入选，遂自怨自叹，日夜悲号惭愧。
程甲本擅自在这段话中加了“自去自来，可大可小”八个字，这段描写就变成：
谁知此石自经锻炼之后，灵性已通，自去自来，可大可小，因见众石俱得补天，独自己无才不堪入选，遂自怨自叹，日夜悲号惭愧。
顽石既然可以自去自来，可大可小，那么去警幻仙子宫中就不用劳驾一僧一道了。果然，程甲本在讲述神瑛侍者与绛珠仙草的故事时，又添加了不少字，变成：
只因当年这个石头，娲皇未用，自己却又落得逍遥自在，各处去游玩。一日，来到警幻仙子处，那仙子知他有些来历，因留他在赤霞宫中，名他为赤霞宫神瑛侍者。
如此一来，顽石与神瑛侍者就合二为一了。看起来好像矛盾解决了，有些研究者对此颇为赞许，认为程甲本改得好，没有矛盾了。其实，哪是改好了呢？相反，矛盾更多了。一是顽石怎么自己可以变大变小，来去自由呢？既然他那样逍遥自在，怎么还会自怨自叹，日夜悲号惭愧，还委屈什么呢？二是竟然可以自己跑到警幻仙姑那里，还要二仙干什么呢？一僧一道说到警幻仙子的宫中将蠢物交割清楚就没有必要了，他们还去销什么号呢？三是一僧一道说是现在有一干风流冤家投胎入世，趁此机会就将“此物夹带于中”，如果顽石就是神瑛侍者，还夹带什么呢？还有，如果说顽石已经变成了神瑛侍者，已经在警幻仙子的宫中工作了，他怎么又会在大荒山无稽崖青埂峰下遇见一僧一道呢？可见，程甲本不仅没有改好，反而改得更糟了。可以说，改得一塌糊涂。
