明清时代，通州拥有便利的水陆交通，城内衙署林立。其中，清代仓场总督衙门位于新城南门东，为明总兵府改建；通永道衙门在州城内天恩胡同偏东；户部坐粮厅署在新城内西察院，为原明总督粮场太监居住的忠瑞馆；大运西仓监督署在坐粮厅后，即明代忠敬馆；大运中仓监督署在州旧城南门内；东路厅署在州新城内草厂；理事厅与漕运厅署在张家湾城内；通州知州署、州同署、州判署均在通州城内；土坝掣斛厅在土坝，为州同督漕公廨，每年南运漕粮抵达通州时均驻扎于此；石坝掣斛厅在石坝，明时称督储馆，有大官厅一座，为判督漕处所；驿丞署与巡检署在张家湾城内；左营都司署与张家湾营都司署均在张家湾城，右营守备署在通州州治西南。从这些衙署的级别来看，几乎涉及明清所有行政建制的品级，其中关于仓储与漕运的占绝大部分，即便作为地方行政人员的知州、州同、州判，除料理地方事务外，也必须承担大量的漕运事务。
全国漕运总管机构在淮安
京杭大运河全长约1797公里，如此漫长的内河水运线，没有专门的部门来督管水利与漕运事务是不行的。明清两朝就设置了统管全国漕运事务的高级官员——漕运总督，此官职始设于明景泰二年（1451年），驻节于南直隶淮安府城（今江苏省淮安市淮安区），全称为“总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道”，不仅管理跨数省的运河沿线，而且还管理地方行政事务。漕运总督在明代和清初兼庐凤巡抚，管理凤阳府、淮安府、扬州府、庐州府以及徐州、和州、滁州；自1860年（咸丰十年）起，漕运总督还节制江苏长江以北诸镇、诸道，而各省的督粮道都隶属于漕运总督，可谓位高权重。
漕运总督府设于淮安，是看中其位于南北水运的枢纽。据《重修山阳县（淮安的旧称）志》载：“凡湖广、江西、浙江、江南之粮船，衔尾而至山阳，经漕督盘查，以次出运河，虽山东、河南粮船不经此地，亦遥禀戒约。故漕政通乎七省，而山阳实属咽喉要地也。”当时，千万艘粮船衔尾而至淮安，入淮北上。粮船卸载之后，再装满盐运往南方各地。这样既解决北方粮米缺乏之苦，又可将北盐南运，使淮安成为漕运、盐运集散地，客观上形成了在漕运史上的特殊地位。
