从官员的品级来看，通州各漕运官员从二品的仓场总督、正四品的道台、正五品的坐粮厅朗中，到正五品的直隶州知州、正六品的主事、从六品的同知，最后是九品的巡检，而军事都司与守备则分别属正四品与正五品。在明清两代，通州作为政治与漕运城市的地理区位、政治环境、交通优势没有丝毫的改变，区别只在于外部威胁。明代通州受蒙元残余势力等威胁，所以要驻重兵防护城池与粮仓，因此通州驻扎有六卫。明代的军事体制是卫所制，据《光绪顺天府志·营制》载：“明洪武二十六年（1393），定卫所，其隶北平都司之在今顺天府者……有通州卫……”为加强北陲防卫力量，命徐达镇守北平府（今北京地区）且于京东重镇通州城内驻守重兵近六千人，称通州卫，直隶兵部。通州卫署设于北大街南部以东，坐北朝南。建文四年（1402），燕王朱棣夺得皇位，为增强其根据地军事力量，将安吉卫调至通州驻防，仍称通州卫，袭用旧署。在其决定将首都自南京迁往北京之后，就将通州卫升为亲军，命勋贵镇守。通州卫署周围形成街巷，名为通州卫胡同。不过，相对于明代六卫在通州的驻扎，清代通州的军事色彩变弱。
坐粮厅堪称“小户部”
在通州的各衙门中，坐粮厅是个特殊的机构。坐粮厅出自文献《明史·王国光传》，是明清官名，属户部，其创始人为明代万历初年的户部尚书王国光，当时王国光为了方便京城军队支取粮饷而设此衙门。《明史·王国光传》称：“京军支粮通州者，候伺甚艰。国光请遣部郎一人司之，名坐粮厅，投牒验发，无过三日，诸军便之。”到了清代，坐粮厅掌验收漕粮，由通州至北京水陆转运、北运河河工及通济库出纳等事，主官为满、汉各一人，由十一仓监督内补用，二年一期。
