1933年狄博尔在京逝世，克礼独自承担了医院的领导工作。同年纳粹上台，开始影响医院的氛围和人事结构。纳粹党员身份的医生科赫和史悌福最先抵京，此后又有纳粹倾向不明显的医生沃尔夫、艾克特和胡佛加入。克礼尽量保持了医院的政治中立，直到他于1938年逝世。日占期间，特别是太平洋战争爆发之后，英、美、法背景的外国医院都被日军接管或关闭。由于德、日、汪伪之间的同盟关系，德国医院的经营并未受到干扰，而且在硬件水平上继续提升，购入了许多先进设备。不过，1941年起的通货膨胀使许多医护人员的日常生活出现困难。1945年日军投降之后，美军比国军先进入北平，德国医院附属的军官住宅全部由美军占领。此后的接收过程，中方材料记载得比较详细：10月13日，北平卫生局局长韩云峰发出训令，派吴洁前往接收德国医院。当吴洁向德籍院长提出将医院物品登记造册时，对方“以一些医疗器械属私人财产为由，拒绝交出”；吴洁对德籍医务人员的安排，对方亦“找了种种借口推托或婉拒”。吴洁兢兢业业地解决了这些困难，“把上交来的财物、医疗器械整理得清清楚楚，甚至一把钳子、一卷纱布，都要登记造册”，并利用自己在医学界的人脉和威望重建了优秀的医师队伍，扩大了医院的规模，“专门为平民开了病房，设在主楼后的西北位置，是一间20张床位的病房，这也是过去所不曾有的”，使其“成为当时北平第一所中国人自己管理的最大最好的医院”。但是，上任还不到1个月，吴洁就遭遇了一起“通天”的告状事件：护士们联合了10多个国家的69位公民，由当时北平救世军秘书长陆玮出头，以“北平外侨团”的名义，于1945年11月7日上书宋美龄，反映接收过程中出现的种种问题，并称自己受到了不公正对待。吴洁在给政府的回复中，不仅解释了接收医院的充分正当理由，还就医师、护士待遇等问题做了说明，如“查修女资历均为普通中学程度，并未受过任何正规护士培训，如按我国护士会规定，只能予以护士助理员职务”等等。
