黄兴这种谨慎的性格伴随其一生。在书院期间,黄兴表明思想立场的行为,另有一次记载是在1900年自立军事件后,唐才常等自立军首领被杀,有同学曾见到黄兴为之痛哭。他在书院时,的确结交了一批志同道合的同学,例如后来也干出一番教育事业的章士钊。1902年,28岁的黄兴被选派赴日本留学,彼时留学生中谈论时政是一种潮流,或曰革命,或言保皇,为表明政治立场,不少人还剪辫立志,这其中不乏真志士,但更多是侃侃而谈之辈。同在日本留学的鲁迅就相当看不上这些人,说“无辫之徒,回国以后,默然留长,化为不二之臣者也多得很”。但他对黄兴却另有一番印象,说“黄克强在东京作师范生时,就始终没有断发,也未大叫革命,所略显其楚人的反抗的蛮性者,惟因日本学监诫学生不可赤膊,他却偏光着上身,手挟洋瓷脸盆,从浴室经过大院子,摇摇摆摆的走入自修室去而已”。
尽管黄兴从外表上完全看不出有任何革命倾向,但其领导能力在那时已开始崭露。1903年,沙俄侵略军违约不从东北撤退,激起国民拒俄运动,尤其在留日学生中最为激烈。黄兴在宏文学院领导湘籍留学生组织“土曜会”,鼓励挺身杀敌,打破现状,成为湘籍留学生的核心人物。
这一年黄兴从日本归国,已不同于以往的低调,而是开始在两湖书院等地发表演说、散发传单,用的宣传品如邹容的《革命军》,陈天华的《猛回头》等,都是宣扬反清革命思想,做好大干一场的准备。不过黄兴等人的举动很快引起了当局注意,只能被迫离开湖北。当年秋天,黄兴抵达长沙,开办明德速成师范班,开始以此为掩护继续宣传反清革命,而此时他身边已聚集了章士钊、刘揆一、陈天华等志同道合的同志,以湘籍人士为主的华兴会应运而生。