班固《白虎通·姓名》篇记载：“孔子首类鲁国尼丘山，故名为丘。”所谓“首上圩顶”，唐司马贞《史记索隐》解释，“圩顶，言顶上窳也”，窳通洼，凹低的意思。“圩顶”即指头顶凹陷。由于圩顶取象于尼丘山，所以被称作“尼首”。《后汉书·高获传》记载，高获“为人尼首方面”，唐代李贤注曰：“尼首，首象尼丘山，中下四方高也。”

司马迁说，孔子“生而首上圩顶，故名曰丘云”，应该是受到当时民间传说的影响。在《孔子世家》中还有孔子父母“祷于尼丘得孔子”一句。这似乎说明，孔子得名有两种说法，一是得名于出生后头部的生理特征，二是得名于家乡的一座山名。如果孔子出生前，父母确实“祷于尼丘”，那么得名于尼丘山似乎顺理成章。反驳此说的人则考证古人“不以山川”命名的原则。

持前一说的学者，认为孔子得名于生理特征，征引了现代医学来解释，婴儿期如果患有腹泻等症，会引起婴儿前囟门凹陷，明显低于周围颅骨。学者推测孔子出生后患病，导致前囟门凹陷。孔子父亲叔梁纥在孔子出生时已经年过六旬。由于父亲年龄偏大，可能影响了孔子先天体质。学者引用晋成公名“黑臀”(“黑臀”当为胎记)来佐证孔子之命名。类似的还有郑庄公名“寤生”(“寤生”近似今天“逆产”)。

如果孔子的名字得自山名，那就和相貌无关。如果得自生理特征，则与相貌密切相关。以上两种说法，各有道理。在没有更加过硬的证据之前，只能两存之。

再说孔子的身高。《孔子世家》说孔子“长九尺六寸，人皆谓之‘长人’而异之”。根据战国、汉代出土实物，一尺约合23.1厘米，这样孔子就有2.2米多高，和前篮球健将姚明相当。这应该也和当时的谶纬之学有关。汉代《春秋纬》：“孔子长十尺，大九围，坐如蹲龙，立如牵牛，就之如昴。”这样看，司马迁还是比传说中少说了一点。孔子的身高在《论语》中同样找不到佐证。不过，孔子的父亲叔梁纥是春秋时鲁国的一员猛将，曾扛起落下一半的城门，放同伴出去。《春秋左传》载叔梁纥：“身长七尺，武力绝伦。偪阳之役，纥抉悬门以出诸侯之师。”