即便尽量做到原人用原典，但不少三国迷指出，剧中戏剧线和历史线错搭的桥段依然不少。比如曹操的台词“大江东去，尽是流不尽的英雄血”，出自昆曲《单刀会》，与三国的时间不符合。在张永新看来，从戏剧逻辑的角度看，这可以成立，“编剧没有死抠时间线，她是为了服务角色戏剧性的塑造，《军师联盟》不是严格意义上的历史正剧，而是带有传奇色彩的古装剧，‘真’是精气神的‘真’，壮心未已的曹操说出这句台词，符合当时的情境。”
谈主角
司马懿有转变绝非“白莲花”
《军师联盟》播出至今，很多观众表示，司马懿和以前的影视形象相比，被洗成了一朵“白莲花”。对于这样的说法，正在进行《军师联盟》下部剪辑工作的张永新并不认同，“即将完结的上部展现的是司马懿从青年到中年的故事，司马懿绝不‘白莲花’，如今播出的只是司马懿刚刚入世的状态。”他也透露，上部中的司马懿已经频频显出“鹰视狼顾”之相，其实已经为下部中他的人物转折埋下伏笔。
已经放出的剧照中，有一张鬓发花白的司马懿占满了大半张图片，黯淡基调中，只有他愁云凝聚的双眼和锃亮的铠甲仍然放射着光芒。这个司马懿的老年形象将出现在《军师联盟》下部。常江坦言，对中国人影响最大的是《三国演义》和经典戏曲，罗贯中在《三国演义》中对刘关张等人物的描写很立体，但切入司马懿是晚年，作为诸葛亮的对立面出现，“七十多岁奋起兵变，孙子篡位，令他在传统文化中的表现更像奸臣。”
此次常江试图将司马懿放在当时的整个历史背景中进行解读。在她看来，司马懿的一生，从20多岁时那个有清明理想、但以自保为主的书生，到进入朝堂开始在时代中挣扎，他用欲望摧毁别人也摧毁自己。“我觉得挑战一下传统印象没有关系，只要我给出这个人的一生是完整且符合逻辑的，我不刻意洗白司马懿，也不想刻意诋毁他。”
