在剧中，蒙冤入狱的曹丕刚出狱时，大理寺卿钟繇与司马懿的一段对话，也说明了编剧的良苦用心。钟繇说：“朝堂上很快就要天翻地覆，这是要载入青史的一刻，你真的不想去看看自己的成就吗？”司马懿回答：“这将来写青史的人，他怎么知道今天究竟发生了什么，谁是忠，谁是奸，恐怕不是几行字能写得清楚的。”
谈理念
不把谁推向神坛或打入深渊
于和伟饰演的一代枭雄曹操，多面而复杂，在《军师联盟》播出过半时“下线”，竟引发无数观众惋惜。王劲松饰演的荀彧，在效忠汉室和效忠曹操之间摇摆，最终选择自我牺牲卫道，网友弹幕中一片泪奔。最令张永新感到高兴的，是一位观众的留言：《军师联盟》拍出了活生生的人。这在他看来，是观众对整个团队最大的褒奖。
张永新和他的团队想通过《军师联盟》传达给观众的理念是，人是有血有肉的，不是脸谱化、概念化的，希望观众通过这部戏看到人性复杂的一面，而不是非黑即白的粗浅认知，“我们不想把谁推向神坛，也不想把谁打入深渊，每个人都有不同的侧面。”他举例，作为剧中司马懿的对手，翟天临饰演的杨修也不是一个严格的反派，为保父亲在码头上的哀嚎，内心活动的变化也令人同情。
小细节的加入，更丰富了人物的性格。“司马懿揉手指”这一看似不起眼的动作，其实是导演和主创现场讨论出来的。“揉手指”贯穿了司马懿一生，每次他思考问题时，手指就开始呈现“多动症”的状态，妻子张春华总是呵斥制止。张永新笑言，这样的设定有其戏剧逻辑，当讲述张春华之死时，这些小动作就会变成感人的反转，“这个贯穿一生的动作就像诗歌的咏叹和复沓一样，多次出现，就会透露出一种沧桑的哲学意味。”
