所有权之争已经公开化
早在上世纪80年代，一家美国打捞公司宣称找到了圣何塞号，虽然打捞工作还没有开始，但针对圣何塞号上的物品被打捞上来后的归属问题，就已经有了纷争，官司甚至打到了美国和哥伦比亚的法庭。2007年，哥伦比亚一家法庭裁定，这家美国公司对于圣何塞号上“非文化遗产”部分的财产拥有50%的所有权。但这个裁定后来并没有得到哥伦比亚方面的尊重。哥伦比亚在同一年将该船申报为国家级“文化和历史遗产”。此后，美国公司两次在美国本土法院起诉哥伦比亚政府，都以败诉告终。2013年，哥伦比亚通过了一项与水下文物保护相关的法律，进一步加强了对圣何塞号这样的沉船上财富的所有权宣示。
西班牙政府在2015年12月圣何塞号被找到的消息传出后表示，本国应当是圣何塞号财宝的真正主人。1810年以前，今天的哥伦比亚隶属于西班牙帝国在美洲的四个总督辖区之一的秘鲁总督辖区，是西班牙帝国的海外殖民地。圣何塞号一直是西班牙帝国海军编内战船，沉没时也是在执行西班牙国王下达的任务，跟随圣何塞号沉入海底的还有船上600多名西班牙籍船员……但西班牙政府从与哥伦比亚两国友好关系至上的角度出发，目前对圣何塞号财物问题总体持和平协商的态度。
除了西班牙政府外，秘鲁和厄瓜多尔政府也表示对圣何塞号上的财物拥有所有权，因为当年西班牙殖民者正是从这两个国家掠走了这些财宝。2015年12月，哥伦比亚总统桑托斯公开表示，“圣何塞号是属于哥伦比亚人民的文化遗产，现在蹦出来好多圣何塞号的主人，先生们，你们错了，圣何塞号是哥伦比亚的。”桑托斯总统还表示，哥伦比亚将为打捞出来的各种圣何塞号上的物品专门建立一个博物馆以供保存和展览。
