1976年3月，军队以结束国内无休止的“恐怖主义”活动、维护西方的天主教传统为理由，以军事政变登上了权力的舞台。军方对待左翼和可能亲近左翼的分子一律采取了强硬措施，通过逮捕、关押、刑讯、失踪、暗杀等等手段，清除所谓的“共产主义者”。天主教会维护传统价值，教会上层是支持军队的做法的，这一时期，民众也倾向于整肃国内环境，但万万没想到，神职人员会遭到如此的境遇。
军政府的第一反应是将责任扔给叛乱分子，拒绝承认罪行，各大报纸按照军政府的指示进行了报道。教会上层和罗马教皇大使同军方进行了沟通，军方私下的解释是军队内部冲突的结果，强硬的一方直接采取了行动，来阻止反对镇压的一方犹豫的态度，但这一说法一直没有公开。教会最终采取了谨慎的态度，规劝大家忘却仇恨向前看，但是该社区的居民和信徒没有忘却，也没有相信军方公开的说法，而是不断收集证据。有目击者的证词，有出警巡逻的警察，这位巡警甚至知道当天作案人员的名字，按理这本不是一桩很难破的案子，但上诉之后，迟迟没有任何审判结果。1977年，案件审理被中断，直到1983年国家恢复民主之后，才得以继续。这次惨案之后，军方还是不断滋事，对教区的成员和圣帕特里克教堂案发当晚没在场的其他教职人员和学生进行关押，不断地问询和拷打，还用汽车撞死了一名教区年轻人。
1983年，民选总统阿方辛上台后做的第一件大事，就是成立全国失踪人员委员会，调查军政府罪行真相，出版了《绝不重演》的报告，帕罗蒂惨案也收录其中。并对其军队主要头目进行审判，许多军队高官被捕入狱，阿根廷获得了国际社会的赞誉。军政府魏地拉总统以反人类罪被判终身监禁，当他被问及这一案件时，他只说了句：“那是个过失。”
