在世族门阀主政的情势下，东晋皇族一方面要依靠南迁世族的支持，才能维持偏安统治；另一方面，东晋皇帝又以“共主”身份，居间制衡和调整世族之间的内部矛盾。至于南方吴地的本土世族，虽不能参与朝中枢机，却在当地经营多年，拥有一定的地方影响力，是需要安抚和团结的对象。它们也通过承认东晋皇权的合法性，换取朝廷对其自身利益和政治地位的认可。
东晋时期，是世族政治的“繁荣期”。世族门阀地位优渥，在政治、经济上都拥有很大的特权。它们借用晋室的名义，占地封山，以致资财巨万、园宅广阔、奴僮数千。同时，垄断选举，以致形成“举贤不出世族，用法不及权贵”的局面。门阀子弟凭借门第和出身，初入仕途即是四品、五品；所任官职，也多是职闲廪重、地望清美的“清职”，进而平流进取，坐至公卿。
为了维持门第的优越性，世族高门之间往往互为婚姻，且不与寒门子弟通婚，导致阶层封闭和固化。他们还看不起出身寒门者，“视寒素之子，轻若仆隶，易如草芥，曾不以之为伍”。
此外，门阀子弟多以清高脱俗为标榜，鄙视俗务，崇尚雅言清淡，追求精神放逸、自由。这在某种程度上带动了文学艺术的进步和繁荣，但也使得高门世族习惯了优越舒服的日子，日渐消磨糜烂。
东晋末年，起于寒门的士人子弟逐渐在军队及实务部门掌握实权。最终，握有兵权的刘裕即皇帝位，国号宋，东晋灭亡，由此开启了南朝政局。
南朝政治，先后有刘宋、萧齐、萧梁和南陈，多为禁军首领政变所建。鉴于东晋王室孤微、门阀势盛的教训，南朝皇帝为维护皇权和制衡高门世族，往往以宗室子弟掌握军权，守为外藩。但皇室与外藩诸王之间，多有猜忌，常起冲突，以致骨肉相残，政局更迭，各朝维持的时间都不甚长。
