正是基于这样的逻辑，导致了“断程”将历史查证的范围，限定于被儒家视为王道正统的“夏商周”，以此作为黄河中游文明的核心象征，而蓄意切割两个时间更早的文明形态——辽河文明（以牛河梁为代表）和长江文明（以良渚和三星堆为代表）。这种研究路径，只能演绎出狭小自闭的华北（黄河中游）古史，它的袖珍化的学术触角，甚至无法触摸“中华民族”的完整边界。
图2 神像纹琮（良渚文化，约3200—2200 B.C.，1984年上海青浦福泉山良渚墓葬出土，上海博物馆藏）：另一种独自存在的符号
辽河文明距今7000年，长江文明之良渚文明距今5000年，三星堆文明距今4500年，三者虽与黄河文明有所关联，却是相对独立的文明形态。良渚的人兽神徽及其碾玉技术，三星堆的青铜纵目面具（眼睛偶像）、神树、神鸟、权杖和金沙的太阳芒徽，都是独立自存的符号，甚至连后者的青铜化学配方，都跟晚期的夏商周截然不同。金沙出土的大量热带海贝，更非远东地区的土产。而“断程”对此却轻描淡写。它试图修改多中心和多元并立的华夏历史结构，而将其变成一个单一中心及多边环绕的文明图式。尽管“断程”成功梳理了黄河文明的时间节点，却不慎制造出一个更大的空间盲点。
此类主流历史观，不仅要面对现代史学的质疑，还要面对更犀利的生物学挑战。早在“断程”启动前的1987年1月，权威的英国科学杂志《自然》第6096期，就发表了美国加州大学伯克利分校生化系阿兰·查尔斯·威尔逊（Allan Charles Wilson）和其学生里贝卡·卡恩（Rebecca Cann）、马克·斯托金（Mark Stoneking）的论文，作者根据对147名妇女（这些妇女分别来自欧、亚、非及太平洋群岛和澳大利亚）的胎盘细胞线粒体DNA（Mitochondrion DNA）的分析，提出令人惊骇的假说，宣称现代人类的共同祖先，是20万年前生活在非洲的一名妇女，威尔逊命名她为“线粒体夏娃”（Mitochondrial Eve）。约在10万至15万年前，夏娃的后裔走出非洲并扩散到世界各地，最终取代了当地的原始人类。
