1902年，梁启超在《论中国学术界思想变迁之大势》中颇有深意地指出：
“魏氏又好言经世之术为《海国图志》，奖励国民对外之观念，其书在今日，不过束阁复瓿之价值。然日本之平象山、吉田松阴、西乡隆盛辈，皆为此书所激刺，间接以演尊攘维新之活剧，不龟手之药一也。”
由此可知，梁氏认为日本尊王攘夷、锐意维新的思想至少部分源自于《海国图志》。
《海国图志》传入日本的过程颇有几分传奇色彩。自江户时代始，由于天主教的传播威胁到了本土文化根基，1633年至1639 年幕府连续发布了五道锁国令，日本正式进入了闭关锁国时代。同时实施严格的“禁教”政策，涉及基督教的书籍禁止传入和民间私藏，更不允许贸易。当时日本只保留长崎一口与外界联系，1692 年幕府在长崎下设“书物改役”一职，专司调查境外传来的书籍中是否有基督教的内容，没有基督教内容的书籍方可输入。
大约在1851年，《海国图志》首次由中国商船亥二号带入日本港口，共计三册，是1847年出版的六十卷本暨魏源修订的第二版。负责检查进口书籍内容的长崎官员向井兼哲（书物改役）发觉书内有介绍基督教的文字后，以违禁品名义将其没收。在向井兼哲的货物底账中如此记录：“此项内有御禁制文句，向井外记为此向御役所报告，御所令全部交出。向井外记于子十一月十八日告知商人，并将信函附于账籍之上。”
然而正是这次意外地克扣促成了《海国图志》在日本的流传。被港口官役查禁的三册书，分别被“御文库御用”、“学问所御用”及幕府老中牧野忠雄取去。1852年中国商船子二号又带入一部，由于仍属违禁书籍之故，为长崎会所负责保管。
日本社会与西方世界交流的加快，一部分日本学人开始“留意夷情”，德川幕府亦开始重视对西方世界的探求。而《海国图志》对西方诸国政治、地理与民情等基本情况的介绍，认为“有用之物，即奇技而非淫巧”，满足了幕府及各藩了解西方的需求。特别是1853年黑船（くろふね）事件后，德川幕府改变了以往的方针，不再视《海国图志》为禁书，正式批准该书可以公开发售。到了1854年，中国船主陶梅和姚洪通过商船寅一号共带来《海国图志》十五部，被官方征去七部，剩下八部得以在市场上公开出售，之后被批准进口。
