卡拉瓦乔跃升得很快，他“好斗和无畏的天性”，促使他勇于走向极端。当他接到第一份公共委托，也就是圣王路易堂要求他画圣马太时，他画了一幅阴暗的画面，一束光打来照在人物的脸上，所有人震惊了。卡拉瓦乔对黑色和阴影的极致运用是对达·芬奇艺术的另一个回应。在米兰可能他还看到了达·芬奇第二版的《岩间圣母》，这幅祭坛画中达·芬奇实验性地运用了明暗对比法，卡拉瓦乔可能仔细做了研究，当他在罗马刚刚声名鹊起时，他立刻抛却了原来画果蔬的风格，而转向对阴影的把玩。
是什么让卡拉瓦乔这些画作充满凡俗的肉体，就是什么让他所画的圣人故事在西方艺术史上占有一席之地。特伦特大会希望宗教绘画能够唤起人们对天主教教义的理解，卡拉瓦乔正是这个完美的画家。在北部欧洲，新教的辖区内，圣经已经被译成了当地语言，得到广泛传播。而在意大利，教会禁止翻译圣经。这意味着下层人如何学习宗教知识，绘画将起到至关重要的作用。而卡拉瓦乔的画看上去不像是遥远的神话，而是真实发生的事件，成为了教会关于宗教故事最好的讲述者。
卡拉瓦乔把基督耶稣和圣徒画成身边的人。他提醒着罗马那些普通卑微的祷告者，他们就像你一样，也像我一样。
到1602年，卡拉瓦乔已经被罗马视为宗教画家。他是否把早年那些对年轻小伙子的轻佻放到一旁了呢？情欲是否不再是他画作的主题了呢？大概正相反，正是在他的宗教画杰作中，卡拉瓦乔将情色发挥到了极致。
卡拉瓦乔画中的光束永远不能被正派二字所洗白，即便他已经成为了罗马最受宠的宗教画家，他还是一直在突破教会的底线。他的《圣马太与天使》画了一个秃顶的圣人，裸露着腿，几乎就要与前来传达上帝真理的天使相触碰，这幅画被他的赞助人拒收了。新的版本中，卡拉瓦乔让马太穿上长袍，小腿裹得严严实实，天使也与他保持着安全的距离。被拒收的还有《圣母之死》，因为他对死人的描绘真实得可怕。教会想要的是看上去真实的神圣艺术，但这也太真实了吧。
1605-1606年间所画的《洛雷托的圣母》中，站立的玛利亚抱着小基督，两人踩在一条蛇的头上。一边是玛利亚的母亲，圣安娜。不过对这幅画的诟病是，虽然小基督将罪恶踩住了，但他却露出了自己的生殖器。照进屋子的光束打在小男孩的身体上，却也奇怪地打在圣母隆起的胸脯上。这太真实了，却不够神圣。在教堂里挂了没多久，它就被卖给了博盖塞主教。
这幅画现在仍在博盖塞别墅可以见到。这座别墅的收藏展示了其建造者非凡的审美品位。博盖塞家族对公共艺术有一套标准，对私人收藏自有另一套。1603年，皮奥里·博盖塞的叔叔卡米洛·博盖塞（后成为教皇保罗五世）颁布了一条法令，所有的教堂艺术都必须得到官方的许可证。当他正在加紧对宗教绘画的审查时，他那个热爱艺术的侄子则买了卡拉瓦乔的画。毕竟，别墅不是教堂。
卡拉瓦乔宗教画里的裸体，是教会一直想从神圣的空间中去除的。他的《逃亡埃及途中的休息》中，玛利亚沉沉地睡着，她的孩子静静躺在她的臂弯中，就像提香式的风景画一样。在她酣眠的时候，一边，她的丈夫约瑟夫却与一个裸体的天使享受着愉快的聚会——天使正在为他演奏音乐，而他则拿着打开的乐谱。
1602年所作的《受洗的圣约翰》描绘了一个裸体男孩抱着一只山羊。他坐在一块看上去惬意的皮毛之上，下面是红白色的布，这更像是个罗马家庭的卧室，而非圣地的沙漠。
