到了明清两代，清明节已经正式成为一个独立的节日，以至于民间“只知清明，不知寒食”。不过虽然寒食节禁火和赐火的习俗基本消失，但寒食节的食俗之一——“青白团子”却变身“清明果”被完整继承下来。凭借“能事前准备、可以保留数天冷食”的优势，青团成了清明节祭祀的必备祭品。清代《清嘉录》就有：“市上卖青团熟藕，为祀祖之品，皆可冷食”；清朝文人徐达源的《吴门竹枝词》也说：“相传百五禁烟厨，红藕青团各祭先”。

从史料记载来看，从明代中后期起，青团就一直流行于江南地区，据明万历《杭州府》记载：“清明，门檐遍插柳枝，亦戴于首……出郭扫墓，以纸钱挂墓树上，其米食用青团子。”清代美食评论家袁枚在《随园食单》中这样描述青团：“青糕、青团，捣青草为汁，和粉作粉团，色如碧玉。”由于“清明”和“聪明”谐音，明清时期，抱着幼儿走街串巷、邻里互赠“清明团子”也一度成为江南的新民俗。又因为清明时节流行踏青时带青团野餐，和北方人立春时吃春饼“咬春”类似，江南人管春天的第一口青团叫“尝春”。至于青团为什么能成为江南共同的春季时令之味，得归结于江南一带得天独厚的原材料条件。

鱼米之乡的江南，糯稻品种丰富、产量高，米食文化发达。汤圆、糯米糕、糯米藕以及青团的主要材料都是糯米。青团黏弹的口感如何，很大程度上取决于使用的糯米品质。另一方面，一到清明时节，各种时令野菜纷纷破土而出，清香四溢。活跃在浙南地区的鼠曲草，以及生长在苏南、皖南地区的艾草，都是青团里绿野仙气的来源。人们把青绿色的植物收割，经过洗净、焯水、沥干、煮沸、加碱粉、过冷水等工序，再将碧绿浆汁与脱壳磨出的米粉反复揉撞，最后包入甜蜜馅料，上屉蒸熟——新一年的青团就此出炉。