黄山遗址文化堆积丰富，包含仰韶、屈家岭、石家河等三个时期的文化遗存。其中仰韶早期至屈家岭文化堆积厚3至5米，由多层房址和墓葬叠压而成，遗迹丰富复杂，从发掘的剖面观察到的仰韶晚期建筑基址有5层之多。仰韶文化遗存以晚期为主，发现的遗迹主要有房屋建筑基址和窖穴，屈家岭文化时期的遗迹包括房址、墓葬、祭祀坑，石家河文化时期的遗迹有房址、灰坑；码头遗存从仰韶一直沿用到石家河文化时期。

仰韶文化是新石器时代晚期分布于黄河中上游地区的一支考古学文化，南阳地区是仰韶文化下王岗类型的分布区。其内涵丰富、延续时间较长，对东北地区、长江中游地区、黄河下游地区都产生了极大影响。仰韶文化与华夏族有着密切关系。屈家岭文化和石家河文化是分布于长江中游地区具有明显传承关系的两支考古学文化。这两支考古学文化均发轫于江汉平原地区，在向北传播中，对中原地区造成了强烈辐射。从屈家岭文化到龙山早期，南阳地区已先后成为屈家岭文化和石家河文化的分布范围。这两支考古学文化是三苗族活动留下的文化遗存。

黄山遗址中仰韶文化、屈家岭文化、石家河文化的发现，清晰地展现了南阳地区从仰韶到龙山时期3000多年间考古学文化的发展脉络变迁过程，见证了当时南北文化交流融合发展的社会复杂化和文明进程，也形象地反映了华夏族与三苗族实力的消长。

矿育天琢：完美结合的矿山与作坊

黄山遗址出土的玉石材料极其丰富，以砂岩质的制玉石工具为大宗，有2.3万余件，另有玉器116件、独山玉半成品或废品500余件、玉片3518件、玉料4500余件。考古发掘确认了黄山遗址新石器时代玉石器制作遗存是以独山玉石为资源支撑的。独山与黄山，天然矿育与加工琢玉，形成了资源矿脉与玉石作坊之间的区域手工业生产格局。