漕粮事务在清代一直弊端丛生，著名书法家包世臣还写过《剔漕弊说》，称清代捐官大都集中到漕运等几个衙门，纯属“借帮丁脂膏”，逢关过卡，运米入仓，处处勒索，“沿途过闸，闸夫需索，一船一闸，不下千文”。除此之外，粮仓是一些官员眼里的肥肉，以次充好、变卖漕粮、中饱私囊时有发生，以至于通州地区一度兴起酿酒业，并形成大烧酒胡同、中烧酒胡同和小烧酒胡同，还有东麦芽胡同和西麦芽胡同。直到漕运停止后，通州的粮仓废弃，该处的酿酒业才逐渐没落。
正因为漕运舞弊严重，巡仓御史的作用就尤为重要，其职责是掌稽察京帅禄米仓等十二仓及通州中、西二仓，审核其出纳情况，禁止盗窃，厘除弊端。可惜的是，有清一代，围绕粮仓发生的弊案层出不穷，电视剧《天下粮仓》就演绎了围绕粮食接连发生的“火龙烧仓”、“阴兵借粮”、“耕牛哭田”等惊世奇案。
司空分署主管工程
在通州的漕运衙门中，司空分署的地位也较为重要，因为该衙门主管着修缮闸坝、培护堤岸、疏浚河道等工程。
通州是北京的东大门，处于水陆交通要道，即可起到拱卫京师的作用，又对漕粮北运有着无可替代的作用，所以通州的战略地位非常高。北运河在通州城的东边与白河、温榆河等多条河流相汇，每年夏秋交替之际，因雨量较大，河水上涨，洪水泛滥，常常冲决堤岸，导致两岸田庄淹涝，还使得漕运不得不停止。如《光绪顺天府志·故事志五·祥异》载：“嘉靖三十二年秋，通州淫雨，运河冲决张家湾麴店，皇木厂大木漂流，甚为民害。”又：“万历三十五年闰六月，淫雨一月，平地水涌，通惠河堤闸莫辨。张家湾皇木厂大木尽行漂流。”因此，通州地区修葺城池、堤岸、闸坝等大型工程颇多，所以明朝就在通州旧城西偏北部、州衙之前建了个工部分署。工部起源于周代官制中的冬官，长官曾称大司空，为掌管营造工程事项的机关，后来成为各朝代的六部之一，长官为工部尚书。工部分署即工部派出机构，以郎中任之，掌管通州重大工程。
