问题并不是任何一个单一的错误，而是一系列的假设和遗漏，使Kondrak和Hauer在解释他们的结果时更落后了一些。
第一个很简单：他们的算法接受了现代语言的训练，但手稿的碳含量可追溯至15世纪。所以，如果它最初是用希伯来语写成的，它应该是用15世纪的希伯来语写成的。“语法、拼写和词汇会有很大的不同，特别是对于像伏尼契手稿（与圣经或礼拜仪式不同）这样的科学的手稿。”Davis说。
第二，尽管Kondrak和Hauer的算法可以为密码文本的源语言提出建议，但它不能评估这些匹配的可能性。所以当他们说希伯来语是手稿中得分最高的，而没有对可能性进行评级时，这是一种毫无意义的吹嘘。“总得有人得到最高的分数，他们提到了其他一些排名很高的语言。我记得，一个是马来语，这是一种非常不同于希伯来语的语言。” Argamon说。
第三个假设可能是问题最大的：Kondrak和Hauer声称，除了作为替代密码，伏尼契手稿也存在字母颠倒的写法，所以每个单词的字母都是乱写的。这并不是伏尼契学的一个新建议，但它远非一个既定事实。它也完美地建立了Kondrak和Hauer的研究的最终“成功”：将伏尼契手稿的开头句翻译成英语。
▲一页的伏尼契临摹，手稿中许多植物插图。图片来源：Getty Images
这句话的意思是：“她向神父、众议院的人、我和人民提出了建议。Kondrak说：“一份手稿最开始的一句话是一种奇怪的句子，但它确实是有意义的。”但即使是在论文中，他和Hauer也描述了他们是如何编造翻译来产生这个结果的。他们的第一次尝试“不太连贯”，一位现代希伯来语的发言人说，他们必须在把这些字符输入谷歌翻译之前做出“几个拼写纠正”来产生上述结果。（“任何时候你不得不求助于谷歌，而不是那些真正研究过这种语言的人，所以你会失去一些可信度，” Fagin说。）
