战后，一般国民对《君之代》是不是应该继续颂唱，意见出现分歧。因为新宪法规定“主权在民”，天皇的赞歌显得与新宪法格格不入。学习指导纲要里关于唱国歌的规定一度被删除，齐唱《君之代》的惯例一时间悄然淡出了舞台。
1952年，日本恢复主权，重新成为独立的国家。时任首相的吉田茂在施政演说中说：“我国若想真正作为独立国家站起来，经济自立固然重要，提升国民的道义感和激发国民的自主精神更加关键。为此，有必要进一步努力振兴文教事业。”吉田指的“振兴文教”，具体说就是强化道德教育和爱国心教育。政府之所以会把重振国民的精神视作当务之急，是因为战后在盟军最高司令官总司令部（GHQ）统治的七年里，日本经历了脱胎换骨的变化。以往的信仰被摧毁了，GHQ播撒的民主主义和自由平等的思想，把战前“天皇中心、国家至上”的理念翻了个底朝天。有人自卑，有人迷茫，有人把新宪法尊重的“个人”极端化，把国家利益放在心上的人越来越少了。
当时的文部大臣天野贞祐，战后第一次重新提出了唱《君之代》的建议。天皇制是日本用很大的代价保下来的，政府当然希望《君之代》在新时代继续唱下去了。但是这个“君”字如何对国民解释呢？天野贞祐很智慧地解释道：按照新宪法，天皇现在是日本国的象征，也是国民总体的象征。所以，虽然《君之代》中的“君”仍然是指天皇，但因为内涵变了，它实质上赞颂的是我们国家和人民永久的安康和繁荣昌盛。天野使《君之代》既赞了天皇又赞了国家和国民，一举多得。天野之说成了日后官方的“正式见解”。
1958年，《君之代》终于重新出现在文部省的“学习指导纲要”里。但是用词比较婉转，不说“必须”，只说“希望如是指导”。因为担心说严了，会被民主改革派指责为“违反宪法所保护的个人思想和内心的自由”。“希望如是指导”的口吻一直持续了三十年，所以，战后相当长的时间，很多学校都不再唱《君之代》了，至多是在毕业典礼上唱。渐渐地，国歌、国旗在国民的意识里变得稀薄起来。
到了1970年代，“学习指导纲要”改订。“希望如是指导”的提法依旧，但将“君之代”三字换成了“国歌”。这样既缓冲了对太平洋战争的直接联想，又暗示了一种义务。1989年，文部省再次改订“学习指导纲要”。这一次，关于国歌国旗的口吻变得强硬起来：“希望如是指导”升级到了“必须”，国歌齐唱从此义务化。
促使国歌国旗义务化的背景之一，是七十年代以后的出国热。1970年约九十三万人出国，1980年翻了四倍，1985年以后还出现了出国留学的热潮。国歌国旗的问题也一起被带出了国：当时的日本人因为在海外对他国的国歌、国旗也像对自国的一样“麻木无仁”而遭来异样的眼光，有的日本人甚至因为没有像当地人那样在奏国歌时起立而遭到拘留。政府急了，国歌国旗从国内问题变成了国际问题。
国歌国旗义务化以后，在学校，主要是公立高中，遭到了师生共同反对。因为以往的典礼如何举办都是以学生为中心，是民主商议的结果。国歌、国旗义务化具体由各级教育委员会负责监督实施。教委为了提高典礼上的国歌、国旗实施率，不断地向校长施加压力，终于闹出了广岛县世罗高中校长自杀事件。校长承受的压力不仅来自教委和持反对意见的教师，还来自他内心：遗书表明，校长本人就对《君之代》抱有异议。
校长自杀事件成了加快国歌国旗法制化的契机。顺便提一下，《君之代》和“太阳旗”从明治时期开始代表日本近百年，但始终没机会被写入宪法，不论是明治时期的旧宪法，还是战后制定的新宪法，里面都没有关于国歌国旗的条文。但家喻户晓，海内外皆知，是传统意义上的国歌和国旗。当时的舆论调查显示：百分之七十的国民认为没有必要急着为之立法。但是，《国歌国旗法》还是以最快的速度在国会通过了。
