博物馆从地面下去，一共4层130米，一米抵十年，刚好再次寓意科举1300年的历史。走完博物馆，也就走过了1300年科举泱泱历史。建筑风格四四方方，像米字格似有棱有角。如鱼鳞一般的瓦片外墙，用书简堆砌而成的内墙，设计感十足又不乏历史味道。
一路而下，到达主馆的路上有很多文字，这些字的内容是古时候四书五经，是古人要熟读并背诵的内容。进入科举博物馆主体后，自下而上参观，拾级而上感受历史的变迁。首先到达的地方是科第世家的牌坊，这个是比较有分量的镇馆之宝，是朝廷奖励给明朝第一位状元吴伯宗的牌坊，在古代这是彰显身份，光宗耀祖的象征。从牌坊往里走是个院落中庭的设计是珍藏的四书五经，四层通高的魁星堂。仰头看，魁星点斗，照亮四书五经、经史子集。
如果说杭州的特产是丝绸、成都的特产是蜀绣，那么南京的特产当属云锦。据南梁殷云《月令广义·七月令》记载，手工织造的南京云锦开始于东晋末年，经过宋、元时期的发展，至明、清时期，其生产规模与水平达到鼎盛。清康、嘉年间，南京云锦生产达到高峰，全城有织机3万多台，秦淮河一带机户云集，机杼声彻夜不绝。
南京云锦博物馆应运而生，展品包括近千件云锦文物及相关实物。展馆一层是云锦销售及服饰表演大厅；二层北面为云锦大花楼木织机现场操作展示区，南面为古代丝绸文物复制精品和传世云锦匹料真品展示区；三层为中华织锦村，为中国少数民族织锦机具和实物展示区；四层为意匠设计、挑花结本等云锦传统技艺展演区。
