与明朝有关的著名景点明孝陵也有一座同名博物馆，明孝陵是明朝开国皇帝朱元璋与皇后马氏的合葬墓，于2003年7月3日被联合国教科文组织列入《世界遗产名录》，是南京迄今唯一一处世界文化遗产。而明孝陵博物馆是关于明太祖朱元璋、世界遗产明孝陵和南京明文化的专题展馆，新馆外观采用了明清时期江南地区的建筑风格，白墙、灰瓦、雕花木门、坡顶屋面、马头墙、花格窗等典型元素的运用，使得整体建筑与周边明孝陵遗存的大金门、四方城等文化遗址和草木葱郁的自然环境相协调，这也与600多年前明孝陵“天人合一”的建造理念不谋而合。
明孝陵博物馆新馆的另一大亮点是用高科技元素来丰富展陈手段。其中，采用最新技术打造的360°环幕影院，将让游客身临其境地感受明孝陵的前世今生。馆内还有仿造十三陵建“模拟地宫”和“小型四方城”
民国
对于南京的民国史来说，位于南京博物院的民国馆可谓体验极佳。
