上海博物馆馆员张经纬等人认为，黄河上游洪水能够影响下游2000公里的推测，想象多于科学依据。而且，文章将古籍中记载大禹“导河积石”与洪水发现地“积石峡”的重名联系起来，虽然表示是否巧合有待历史地理学来研究澄清，但甘青交界的积石山、积石镇得名在隋文帝之时，文章显见有“望文生义”之嫌。而且大禹治水的范围，学术界倾向于认为只能在郑州以东，不可能产生在黄河中上游一带，中上游有充分的回旋余地，大禹不可能远赴青海治水。
就二里头文化的起始年代，文章也被认为存在一个不大不小的“硬伤”。“二里头文化开始于公元前1900年，是已经被淘汰的旧数据，根据最新结项的中华文明探源工程，二里头文化的上限年代为公元前1750年，比大洪水的年代晚了一两百年。”方向为新石器时代和夏商考古的河南省文物考古研究院方燕明研究员受访时表示，他对论文作者在二里头年代上的数据感到困惑。
如果这个数据有误，大洪水与二里头文化“攀关系”无疑很牵强，而依据洪水测年改写夏朝起始年代的争议则更大。采访中，诸多考古学人对这一点尤为不解，如果顺着大禹治水这个方向找夏朝的线索，那么就是基本认可了先秦文献关于大禹和夏朝的记载，而无论是古代文献记载、几代考古人的探索确定还是最新的考古发现都说明，大禹治水和夏的传说是围绕中原附近展开的，时间在公元前21世纪至前16世纪的范围之内，夏商周断代工程给夏的定论是公元前2070年~公元前1600年。“但论文给出一个颠覆性的答案，就形成一个悖论，它认可了夏与大禹的概念，却又彻底否认了文献中给出的夏与大禹的时间和空间，所以这根本不是历史学的研究，不是文献本位的研究，也不是考古学的研究。”中国社会科学院考古研究所研究员、夏商周考古研究室主任许宏受访时直言。
